烟曲霉菌肺内定植对雏鸡先天性免疫以及禽流感抗体水平的影响

声明

符号说明

1前言

1.1 烟曲霉菌及其对养禽业的危害

1.2 先天性免疫系统

1.2.1 Toll样受体

1.2.2 细胞因子

1.3 烟曲霉菌感染的先天性免疫研究

1.4 转录组测序的应用

1.5 禽流感病毒

1.6 真菌在畜禽舍的分布

1.7 研究目的和意义

2 材料与方法

2.1 材料

2.1.1 试验菌株与病毒株

2.1.2 试验动物与鸡胚

2.1.3 主要分子生物学试剂

2.1.4 主要实验溶液及配制

2.1.5 主要仪器

2.1.6 数据分析软件

2.2 试验方法

2.2.1动物分组与处理

2.2.2 烟曲霉菌琼脂珠的制备

2.2.3 烟曲霉菌琼脂珠的接种定量

2.2.4 SPF雏鸡烟曲霉菌肺部定植

2.2.5 H9N2禽流感病毒增殖与纯化

2.2.6 H9N2禽流感病毒EID50的测定

2.2.7 雏鸡肺组织真菌培养与观察

2.2.8 肺组织真菌计数

2.2.9 肺组织病毒载毒量的测定

2.2.10 雏鸡肺组织切片制作与六胺银（GMS）染色

2.2.11 雏鸡免疫器官指数的测定

2.2.12 雏鸡肺部定植烟曲霉菌的转录组测序

2.2.13 转录组生物信息分析

2.2.14 实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测雏鸡先天性免疫相关因子的表达

2.2.15 禽流感抗体效价的检测

2.2.16 统计分析

3结果与分析

3.1雏鸡肺部烟曲霉菌定植模型的建立

3.2 雏鸡的临床症状与剖检病变

3.3 雏鸡肺组织真菌培养形态学

3.4 q RT-PCR检测雏鸡定植烟曲霉菌后先天性免疫相关因子的表达

3.4.1 q RT-PCR检测雏鸡定植烟曲霉菌后TLRs的表达

3.4.2 qRT-PCR检测雏鸡定植烟曲霉菌后细胞因子的表达

3.5 转录组测序结果

3.5.1 样品质量检测结果

3.5.2 测序数据质控结果

3.5.3 参考基因组比对

3.5.4 差异基因的表达

3.5.5 差异基因的Gene Ontology（GO）基因功能富集分析

3.5.6 差异表达基因Pathway功能分析

3.5.7 qRT-PCR对部分先天性免疫因子的验证

3.6 雏鸡免疫器官指数

3.7 雏鸡接种烟曲霉菌琼脂珠后肺组织的载菌量

3.8 H9N2禽流感病毒的病毒载量

3.9雏鸡接种烟曲霉菌对禽流感抗体效价的影响

3.10 qRT-PCR检测雏鸡感染H9N2 AIV后TLRs与细胞因子的表达

4 讨论

4.1 雏鸡肺部烟曲霉菌定植

4.2 雏鸡定植烟曲霉菌的转录组测序及诱发的先天性免疫应答

4.3烟曲霉菌定植对雏鸡感染禽流感抗体形成的影响

5. 结论

参考文献

致谢