植物致病菌基因组重新注释及数据库构建

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论文说明：植物致病菌缩略词索引

声明

第一章引 言

1.1研究目的和意义

1.2国内外植物致病菌基因组学研究现状分析

1.3植物致病菌基因组学研究目前存在的问题

1.4研究内容和技术路线

第二章植物致病菌基因组假定基因识别和注释

2.1数据来源

2.2植物致病菌概述

2.2.1嗜酸菌属(Acidovorax)

2.2.2土壤杆菌属(Agrobacterium)

2.2.3棒形杆菌属(Clavibacter)

2.2.4欧文氏菌属(Erwinia)

2.2.5假单胞菌属(Pseudomonas)

2.2.6青枯病菌属(Ralstonia)

2.2.7黄单胞菌属(Xanthomonas)

2.2.8木质部小菌属(Xylella)

2.3研究方法

2.3.1非编码序列识别方法

2.3.2直系同源聚类(Cluster of orthologous group，COG)分析

2.3.3主成分分析(Principal component analysis，PCA)

2.3.4 GS-Finder计算翻译起始位点

2.3.5 BLAST方法和文献检索法注释假定基因

2.4结果与讨论

2.4.1识别非编码序列准确性

2.4.2翻译起始位点的结果分析

2.4.3假定ORFs功能注释结果分析

第三章植物致病菌基因组表达水平预测

3.1研究方法简述

3.1.1基因群之间密码子使用差异的计算

3.1.2基因表达的度量指标

3.1.3高表达基因的限定

3.2操作步骤

3.2.1 CAI的操作步骤

3.2.2 E(g)的操作步骤

3.3结果分析

第四章植物致病菌潜在靶标

4.1药物靶标概述

4.2潜在靶标的寻找思路

4.3寻找植物致病菌的潜在靶标

4.4同源模建靶标3D结构

4.4.1分子动力学

4.4.2分子模拟计算中的几种数理方法

4.4.3自由能计算

4.4.4同源蛋白的模建

4.5结果与讨论

第五章植物致病菌数据库的构建

5.1构建数据库用到的计算机技术

5.1.1数据库运作模式的选择

5.1.2数据库构建及运行应用的软件

5.1.3 HTML(超文本标注语言)

5.2数据库的构建过程

5.3 WEB页面设计和PHP连接数据库的实现

5.4数据库对外服务

5.5小结

第六章总结

参考文献

硕士期间发表文章

致谢