随机蛋白质序列全局对位最优分的理论分布研究

文摘

英文文摘

独创性声明、导师承诺及关于论文使用授权的说明

第1章相关文献综述

1.1统计显著性和生物显著性

1.2序列对位理论

1.2.1对位算法

1.2.2得分矩阵

1.2.3罚分系统

1.3序列对位的显著性研究现状

1.4本研究的内容和意义

第2章序列的选择和处理

2.1序列的选择

2.2序列的随机化处理

2.2.1根据平均氨基酸组成产生随机序列(ACL)

2.2.2根据真实序列的氨基酸组成分布和序列长度产生随机序列(CLA)

2.2.3全局重排(GS)

2.2.4局部重排(LS)

2.2.5根据PAM矩阵模拟序列进化过程产生随机序列(SMP)

2.3真实不相关序列(RUS)的选择和处理

第3章序列的全局对位

3.1得分系统(scoring scheme)的确定

3.2全局对位程序设计

3.2.1共用程序的设计

3.2.2不同序列的对位程序设计

第4章对位得分的分布拟合

4.1备选拟合分布

4.2备选分布的参数估计

4.2.1伽玛分布的参数估计

4.2.2正态分布的参数估计

4.2.3极值分布的参数估计

4.3备选分布的函数拟合(卡方检验)

4.3.1卡方检验和皮尔逊定理

4.3.2程序设计流程

4.3.3拟合结果

第5章结果和讨论

5.1研究结果

5.1.1序列长度对拟合得到的三参数伽玛分布的影响

5.1.2块大小(window size)对拟合得到的三参数伽玛分布的影响

5.1.3得分系统对拟合得到的三参数伽玛分布的影响

5.2与前人工作的比较以及有待进一步研究的问题

参考文献

致谢

作者简介