摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 组蛋白翻译后修饰
1.1.1 组蛋白
1.1.2 蛋白变体
1.1.3 翻译后修饰
1.1.4 组蛋白密码
1.1.5 质谱分析方法
1.1.6 疾病组蛋白翻译后修饰
1.2 定量蛋白质组学
1.2.1 绝对定量
1.2.2 相对定量
1.2.3 定量新方法
1.2.4 定量方法比较
1.2.5 定量分析软件
1.3 本章小结
参考文献
第二章 基于质谱组蛋白翻译后修饰定性方法研究
2.1 研究背景
2.2 实验部分
2.2.1 试剂与材料
2.2.2 仪器设备
2.2.3 溶液配置
2.2.4 组蛋白提取及胶内鉴定
2.2.5 在线分子质量测定
2.2.6 反相色谱分离收集
2.2.7 多酶酶解
2.2.8 酶解肽段反相色谱质谱分析
2.2.9 酶解肽段亲水色谱质谱分析
2.2.10 酶解肽段数据库搜索
2.2.11 甲基化标准肽段特征离子确认
2.3 结果与讨论
2.3.1 组蛋白提取及胶内鉴定
2.3.2 在线分子质量测定
2.3.3 酶解肽段反相色谱质谱分析
2.3.4 酶解肽段亲水色谱质谱分析
2.3.5 甲基化标准肽段特征离子确认
2.4 本章小结
参考文献
附录
第三章 体内终端氨基酸标记定量蛋白质组学新方法
3.1 研究背景
3.2 实验部分
3.2.1 试剂与材料
3.2.2 仪器设备
3.2.3 溶液配置
3.2.4 细胞培养
3.2.5 全蛋白提取
3.2.6 细胞标记效率确定
3.2.7 细胞全蛋白混合、还原烷基化及酶解
3.2.8 离线二维强阳离子交换-反相色谱质谱分析
3.2.9 蛋白质定性搜库分析
3.2.10 蛋白质定量分析
3.2.11 重复性和动态范围测试
3.3 结果和讨论
3.3.1 IVTAL方法的理论分析
3.3.2 细胞标记效率确认
3.3.3 Arg-C和Lys-N酶解条件确定
3.3.4 蛋白质鉴定搜库条件的确定
3.3.5 IVTAL方法在HeLa标记细胞中的应用
3.3.6 IVTAL方法的重复性
3.3.7 IVTAL方法的动态范围
3.3.8 IVTAL方法中提供的补充定量信息
3.3.9 IVTAL对于蛋白质翻译后修饰定量分析的优势
3.3.10 IVTAL对于蛋白质定性的优势
3.4 本章小结
参考文献
第四章 二级离子对定量数据分析和优化软件
4.1 研究背景
4.2 实验部分
4.2.1 ITMSQ软件定量模块
4.2.2 b,y碎片离子质量偏差对IVTAL定量准确度的影响
4.2.3 b,y碎片离子强度对IVTAL定量准确度的影响
4.2.4 ITMSQ软件优化模块
4.2.5 IVTAL方法变化蛋白上下调界限的确定
4.2.6 实际样品统计学分析
4.3 结果和讨论
4.3.1 ITMSQ软件定量思路
4.3.2 ITMSQ软件优化思路
4.3.3 ITMSQ软件在IVTAL方法中的应用
4.4 本章小结
参考文献
附录
第五章 全面体内终端氨基酸标记定量蛋白质组学新方法
5.1 研究背景
5.2 实验部分
5.2.1 试剂与材料
5.2.2 仪器设备
5.2.3 溶液配置
5.2.4 甲基化标记
5.2.5 细胞培养
5.2.6 细胞全蛋白提取
5.2.7 细胞标记效率确定
5.2.8 细胞全蛋白还原烷基化及trypsin酶解和甲基化标记
5.2.9 离线两维高pH反相-低pH反相色谱质谱分析
5.2.10 蛋白质定性搜库分析
5.2.11 蛋白质定量分析
5.2.12 重复性考察
5.2.13 G-IVTAL在透析血清对人肝癌细胞HepG2影响研究中的应用
5.3 结果和讨论
5.3.1 全面体内终端氨基酸标记方法的理论分析
5.3.2 细胞标记效率的确认
5.3.3 二甲基化标记反应的考察
5.3.4 高pH反相色谱分离
5.3.5 G-IVTAL方法在HepG2标记细胞中的应用
5.3.6 G-IVTAL方法在透析血清对HepG2细胞影响研究中的应用
5.4 本章小结
参考文献
附录
博士学位攻读期间学术发表情况
致谢
