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第一章 前言
第二章 蛋白质结构
2.1氨基酸
2.2蛋白质的结构
2.3蛋白质的折叠
2.4蛋白质折叠的几个模型研究
2.4.1HP模型
2.4.2 HZ拉链模型
2.4.3 Go模型
2.4.4分子动力学模拟
2.4.5 β-发卡的折叠
2.5蛋白质研究的重要性
第三章 现有方法及其优缺点
3.1蛋白质三级结构预测概述及预测方法的分类
3.2 threading
3.2.1 threading方法概述
3.2.2 threading的算法描述
3.3 ab initio
3.3.1 ab initio方法概述
3.3.2一种成功的ab initio方法-分段聚集方法
3.4综合方法
3.5这些方法的优缺点
第四章 序列替代的方法--将threading方法用于 ab initio中
4.1绪论
4.2数据获取
4.3数据的预处理
4.4两级模式库的产生
4.4.1第一级模式库-“二级结构模式库”
4.4.2第二级模式库-“非二级结构模式库”
4.4.3模糊匹配的算法
4.5从待预测序列到替代序列—两层替代阶段
4.6模式库的修正
4.7利用ab initio方法作系统分析
4.8结果处理
4.9系统主要过程
4.9.1模式库的建立过程
4.9.2蛋白质序列三级结构的预测
4.10本章小结
第五章 试验和结果
5.1试验设计
5.2试验结果：
5.2.1中间结果分析
5.2.2预测结果
5.3结果分析
第六章讨论
6.1系统的不足之处
6.2从Web页获取信息
6.3聚类分析法
6.4模糊匹配的算法
6.5我们方法理论基础的正确性分析
6.6替代预测方法的优越性
6.7结论
参考文献
致谢
