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MicroRNA与新疆卡波氏肉瘤发生发展关系的初步研究

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论文说明:注释说明

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引言(Introduction)

第一章 材料(Materials)

1.1组织样本

1.2主要试剂

1.3常用试剂配制

1.4主要仪器设备

1.5 Real-time PCR引物

第二章 方法(Methods)

2.1miRNA芯片试验及差异表达miRNA筛选

2.2 KS组织表达谱芯片数据差异表达基因筛选

2.3 miRNA靶基因的筛选

2.4对靶基因验证

第三章 结果(Results)

3.1两次独立实验中共同差异表达的人源miRNAs靶基因的筛选及分析

3.2 miRNAs靶基因的在KS中表达的趋势

3.3低表达的人源miRNAs的靶基因生物信息学分析

3.4 高表达的KSHV miRNAs的人源预测靶基因筛选结果

3.5确定进行验证的候选靶基因

3.6靶基因的验证

第四章 结论(Conclusion)

第五章讨 论(Disussion)

5.1为什么选择microRNA研究KS

5.2为什么选择使用miRNA表达谱芯片与mRNA表达谱芯片关联分析

5.3 mRNA谱与miRNA谱关联分析被我们证实可行

5.4对病毒miRNA致病的进一步讨论

参考文献(Reference)

论文综述:KSHV-Encoded MicroRNAs在卡波氏肉瘤中的研究进展

附录(Appendix):病例资料

作者简介

致谢

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摘要

目的:三检测新疆卡波氏肉瘤(Kaposi's Sarcoma,KS)组织中人源的以及卡波氏肉瘤相关病毒(Kaposi Sarcoma-associated Herpersivirus,KSHV)编码的MicroRNAs(miRNAs)表达的变化,探讨miRNAs与新疆KS发病的相关性,寻找在KS发病机制研究中新的突破点,为下一步的研究奠定基础。 方法:选取维吾尔族、哈萨克族5例经典KS肿瘤组织及瘤旁皮肤对照组织,分别采用晶芯()哺乳动物miRNA微阵列芯片V3.0(北京博奥生物芯片有限公司)和miRCURYTM LNA V9.2(丹麦Exiqon公司)的miRNA芯片筛选差异表达的miRNAs以及差异表达的KSHVmiRNAs;以在两次独立芯片实验中共同差异表达的人源miRNAs及miRCURYTM LNA V9.2芯片差异表达KSHV miRNAs为重点,检索mirBase、PicTar、TargetScan等数据库,筛选上述miRNAs的靶基因;结合我们前期做的新疆卡波氏肉瘤组织基因表达谱芯片的结果,统计分析miRNAs靶基因在KS中表达的趋势,明确在KS发病中起到明显的作用miRNAs类群;生物信息学分析,筛选与KS发病相关的重点miRNAs和基因,缩小研究范围;Real-time PCR和免疫组化验证部分基因在基因芯片中差异表达的结果。 结果:20条人源miRNAs在两次独立芯片实验中共同差异表达(上调3条,下调17条);7条KSHV miRNAs高表达。低表达人源miRNAs多具有抑癌基因作用,高表达的KSHVmiRNAs其预测靶基因多具有抑癌基因作用;显示靶基因表达倾向的RR值分别为1.59(低表达的人源miRNAs)、0.33(高表达的KSHV miRNAs),P<0.001;筛选到MMP14等一些与KS发病重点相关的基因,RT-PCR和免疫组化对其差异表达验证的结果与芯片结果一致。 结论:低表达的人源miRNAs对整个宿主基因的上调以及高表达的KSHV miRNAs对宿主基因的下调都起到明显的作用;miRNAs尤其是KSHVmiRNAs与新疆KS发生发展密切相关,为揭示KS的发生机制提供新的思路和本课题下一步研究奠定了基础。

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