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二化螟神经组织转录组分析与部分神经肽及神经肽受体的基因克隆

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摘要

前言

第一章 文献综述

1.1 转录表达谱学的研究

1.1.1 转录表达谱的研究方法

1.1.2 RNA-Seq

1.2.1 RNA-seq技术的原理

1.2.2 RNA-seq技术的优点

1.2.3 RNA-seq技术的应用

1.2.4 RNA-seq技术面临的问题及展望

1.3 昆虫神经肽及受体研究进展

1.3.1 昆虫神经肽概述

1.3.2 神经肽系统命名法

1.3.3 果蝇及其他4种模式昆虫中的已发现的神经肽

1.4 基于昆虫神经肽受体的新型防治策略

1.5 昆虫中重要的神经肽受体

1.5.1 控制昆虫的生长发育的相关受体

1.5.2 昆虫行为相关受体

1.5.3 昆虫生殖相关受体

小结

第二章 二化螟神经组织转录组学研究

2.1 材料与方法

2.1.1 材料

2.1.2 Tizol法提取RNA

2.1.3 cDNA文库构建

2.1.4 RNA-seq文库测序

2.1.5 转录组的De novo组装

2.1.6 转录组基因注释

2.1.7 转录组数据差异分析

2.2 结果与分析

2.2.1 RNA提取

2.2.2 原始测序数据产量

2.2.3 高级分析结果

2.3 二化螟神经组织转录组Solexa文库中筛选出的神经肽及其受体的主要转录本列表

小结

第三章 由转录组得到的二化螟神经肽及受体基因的克隆

3.1 材料与方法

3.1.1 材料

3.1.2 研究方法

3.3 结果与分析

3.3.1 总RNA质量检测

3.3.2 编码神经肽及神经肽受体的cDNA片段序列扩增

3.3.3 编码神经肽及神经肽受体的cDNA片段序列分析

小结

第五章 总讨论

参考文献

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摘要

二化螟[Chilo suppressalis(Walker)]是重要的水稻钻蛀性害虫。二化螟的抗药性一直以来是水稻害虫防治中的重要课题之一。国内外学者对二化螟的研究大多数集中在生理生化指标检测或者少数基因的研究,其转录组层面的研究还未见发现。
   近年来,由于高通量测序技术具有成本较低,测序容量较高的特点,且可以直接在面对上百万mRNA时直接获得基因的表达信息而不依赖基因的克隆和注释,此技术被越来越广泛的应用于转录组谱的分析。为了深入了解二化螟的遗传信息,本研究应用了新一代高通量测序技术Illumian's Solexa平台对二化螟老熟幼虫的神经组织的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接等聚类分析软件,获取了多个假定的神经肽受体及其配体的基因,具体研究结果如下:
   1:测序的数据产量碱基数约为2,215,507,650nt,总共进行了26,022,226次读数,每次读长为75bp,产生总共702,465个contig,拼接之后获得146,770 scaffolds,平均长度233nt。最后得到了76,016条Unigene,平均长度440nt。
   2:通过BLASTx将二化螟神经组织转录组序列依次对比到Nr,SWISS-PROT、KEGG和COG数据库进行功能注释(Evalue<10-5),对比到Nr数据库的有28,704条unigene,对比到 SWISS-PROT数据库的有20,964条unigene,对比到 KEGG数据库的有16,693条unigene,对比到COG数据库的有8,587条unigene,对比到GO数据库的有6,694条unigene。其中,对比到物种Tribolium castaneum中的unigene数量最多,有5,377条unigene。通过进一步Blastn比对,根据“基因结构相似,功能同源”的原理,在二化螟神经组织转录组文库中筛选到14条神经肽相关基因以及50条神经肽受体相关基因。
   3:对14条神经肽相关基因及50条神经肽受体相关基因进行克隆,获得了12个神经肽相关基因片段及25个神经肽受体相关基因片段,其中4个基因是全长基因,证明了转录组测序的可靠性,为进一步研究基于神经肽受体的防治策略提供了翔实的基因信息。

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