首页> 中文学位 >两个稻瘟菌温度敏感型突变体的数字基因表达谱分析及相关基因敲除
【6h】

两个稻瘟菌温度敏感型突变体的数字基因表达谱分析及相关基因敲除

代理获取

目录

声明

致谢

摘要

第一章 文献综述

1 稻瘟病与稻瘟病菌

1.1 稻瘟菌病原生物学

1.2 稻瘟病菌的生理分化

1.3 稻瘟病的病害循环

2 转录表达谱学的研究

2.1 转录表达谱的研究方法

2.2 基因表达系列分析(SAGE)

3 数字基因表达谱测序

3.1 高通量Illumina测序简介

3.2 数字基因表达谱测流程

第二章 两个稻瘟菌温度敏感型突变体的数字基因表达分析(DEG)

1 材料与方法

1.1 试验菌株

1.2 培养基

1.3 试验试剂与仪器

1.4 常规分子生物学实验方法

1.5 突变体形态学观察方法

1.6 测序要求与内容

1.7 测序菌株材料准备与送样测序

1.8 测序结果分析方法

2 结果与分析

2.1 突变体菌落形态和生长速度测定结果

2.2 突变体致病性测定结果(大麦叶片)

2.3 突变体菌落T-146孢子萌发和附着胞形成观察结果

2.4 数字基因表达谱测序结果分析

2.5 数字基因表达差异结果

2.6 T-146数字基因表达谱标签数据库结果分析

2.7 Guy-11、T-146和T-154的表达谱对比分析

2.8 数字基因表达差异基因的功能分析

2.9 qRT-PCR验证结果与分析

3 讨论与总结

第三章 基于DEG分析结果的稻瘟菌相关基因敲除

1 实验材料

1.1 实验菌株

1.2 实验试剂与仪器

1.3 培养基配制

2 实验方法

2.1 MGG_01722,MGG_07200基因的确定与序列获得

2.2 敲除载体构建策略

2.3 转化

2.4 小量法提取稻瘟菌基因组DNA

3 结果

3.1 转化子获得

3.2 致病性测定(大麦叶片)

第四章 讨论与总结

参考文献

附录基因

展开▼

摘要

稻瘟病是水稻上的一种毁灭性病害,给全世界的水稻生产带来巨大威胁。稻瘟病菌是一种丝状子囊真菌,具有典型的生活史和侵染循环。2002年10月稻瘟病菌成为第一个基因组被测定的植物病原真菌,现已被认为是丝状真菌分子生物学和致病机理研究的模式菌种。人类基因组计划的完成迎来了以转录组学和蛋白质组学为主要内容的后基因组时代。人们的关注重点转向了探讨大规模生物数据中所蕴含的信息。数字基因表达分析(DEG)作为一种转录表达谱学的研究方法,可以定量表现出整个基因组几乎所有基因在某个生命过程中的表达情况。利用计算机科学的分析技术,分析海量的基因表达数据,从而筛选出对生命过程有用的信息已经成为当下科学研究的重点。
   本文主要通过两个稻瘟菌温度敏感型突变体的基因表达分析,根据基因表达差异筛选出一部分基因,对其中2个备选基因进行了基因敲除。主要研究结果如下:
   1)两个稻瘟菌温度敏感型突变体T-146,T-154进行表型的初步测定,突变体在CM培养基上菌落生长速度比野生型Guy-11慢;大麦叶片致病性测定结果显示,突变体致病性均有下降;分生孢子萌发率明显降低,萌发时间延后,附着胞形成推迟或者不形成附着胞。
   2)将稻瘟菌温度敏感型突变体T-146,T-154送样做转录表达谱测序,对突变体T-146和野生型Guy-11的数字基因表达谱标签数据库进行分析,从Guy-11的序列库中提取出有效地标签数为5482885个,T-146为6103619个,分别占稻瘟菌基因数据的99.84%和99.91%。得到Guy-11特有的标签数为167650个,T-146为153049个,约占总数据的1.16~1.43%。另外,T-146的线粒体相关基因的表达要高于Guy-11。
   3)在数字基因表达差异基因的功能分析中,我们得到标签所对应的具有统计学分析意义的基因有4516个,其中包括20个基因家族,这些基因家族约占整个基因组的41%。最终得到突变体T-146的428个具有数字表达差异的基因。
   4)从稻瘟菌基因组中随机挑选11个基因设计定量PCR引物,通过定量PCR结果显示T-146的qRT-PCR结果和DEG测序结果之间存在显著性相关,T-154的qRT-PCR结果和DEG测序结果相关性不显著。5)在分析结果中筛选出一部分基因作为待敲除基因,构建MGG_01722,MGG_07200基因敲除载体, MGG_07200基因敲除得到6个基因缺失转化子,MGG_01722基因敲除得到一个随机插入转化子。
   基因转录表达谱分析是近几年来比较新颖的研究方法,通过基因表达分析来研究稻瘟菌基因组与生物性状的关系,很有意义。

著录项

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
代理获取

客服邮箱:kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备:11010802029741号 ICP备案号:京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有
  • 客服微信

  • 服务号