酿酒酵母的比较功能基因组学研究和遗传育种

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致谢

英文缩略词(ABBREVIATION)

摘要

第一章 文献综述

1．1 酿酒酵母的倍性和基因组结构

1．2 酿酒酵母种群进化和种内基因组差异

1．2．1 不同菌株的亲缘关系

1．2．2 基因组序列差异

1．2．3 基因组结构变异

1．3 基因组差异对表型的影响

1．3．1 蛋白序列差异对表型影响

1．3．2 基因表达调控对表型影响

1．4 总结与展望

1．5 本工作研究目的与研究内容

第二章 不同燃料乙醇酿酒酵母的胁迫耐受性和发酵性能比较

2．1 前言

2．2 材料

2．2．1 菌株

2．2．2 主要试剂

2．2．3 培养基的配制

2．2．5 主要仪器

2．3 方法

2．3．1 发酵性能测定

2．3．2 酵母耐受性测定

2．4 结果与讨论

2．4．1 菌株多种胁迫条件下耐性比较

2．4．2 发酵性能比较

2．5 本章小结

第三章 比较功能基因组学指导菌株个性化育种

3．1 前言

3．2 材料

3．2．1 菌株

3．2．2 主要试剂和试荆盒

3．2．3 实验试剂的配制

3．2．4 培养基的配制

3．2．5 主要仪器

3．3 方法

3．3．1 大肠杆菌感受态制备和转化

3．3．2 醋酸锂转化酿酒酵母

3．3．3 生理生化指标测定

3．3．4 脉冲场凝胶电泳(PFGE)对酵母核型的分析

3．3．5 比较基因组杂交(aCGH)

3．3．6 全基因组测序

3．3．7 RNA-Seq表达谱分析

3．3．8 实时定量PCR(qPCR)

3．3．9 基因操作

3．4 结果

3．4．1 菌株Z5和BYZ1的表型和生理生化分析

3．4．2 菌株Z5的基因组结构分析

3．4．3 菌株Z5的全基因组测序

3．4．4 菌株Z5与BYZ1的表达谱分析

3．4．5 功能基因组学指导Z5个性化育种

3．5 讨论

3．6 本章小结

第四章 基因组结构变异对酿酒酵母表型的影响

4．1 前言

4．2 材料

4．2．1 菌株与质粒

4．2．2 主要试剂

4．2．3 实验试剂配制

4．2．4 培养基的配制

4．2．5 实验仪器

4．3 方法

4．3．1 PFGE和比较基因组杂交

4．3．2 进化关系分析

4．3．3 表型和生理生化分析

4．3．4 统计学分析

4．3．5 RNA-Seq

4．3．5 基因操作

4．4 实验结果

4．4．1 不同燃料乙醇菌株基因组结构比较和进化关系

4．4．2 特定基因拷贝数变化对菌株耐受性的影响

4．4．3 大范围结构变异与菌株特定耐性和发酵性能的相关性

4．4．4 基因组结构变异对菌株表达谱的影响

4．5 讨论

4．6 本章小结

第五章 利用基因组结构变异改进菌株的复杂性状

5．1 前言

5．2 材料

5．2．1 菌株

5．2．2 主要试剂

5．2．3 实验试剂的配制

5．2．4 培养基的配制

5．2．5 实验仪器

5．3 方法

5．3．1 酵母产孢杂交

5．3．2 酵母相对DNA含量测定

5．3．3 浓醪发酵

5．3．4 菌株耐受力测定

5．3．5 PFGE和比较基因组杂交

5．3．6 RNA-Seq

5．3．7 iTRAQ蛋白组分析

5．3．8 基因操作

5．4 结果

5．4．1 SVs突变株的获得和性能测定

5．4．2 ZTS3与Z7的基因组结构比较分析

5．4．3 ZTS3基因组结构变异对ZTS3复杂性状的影响机制

5．5 讨论

5．6 本章小结

第六章 全文总结及后续工作建议

6．1 全文总结

6．2 主要创新点

6．3 后续工作建议

参考文献

攻读学位期间发表论文