声明
第一章 文献综述
1.1早期胚胎发育过程相关研究
1.1.1胚胎发育过程概述
1.1.2早期胚胎发育相关基因
1.1.3基于RNA-seq的早期胚胎发育研究
1.1.4基于ATAC-seq的早期胚胎发育研究
1.2 RNA 编辑相关研究
1.2.1 RNA 编辑概述
1.2.2 检测 RNA编辑的方法
1.3 内源性逆转录病毒的相关研究
1.3.1 内源性逆转录病毒概述
1.3.2 内源性逆转录病毒在胚胎发育过程的相关研究
1.4 早期胚胎发育的多组学分析研究
第二章早期胚胎发育过程中RNA编辑的研究
2.1 材料和方法
2.1.1 获取注释信息
2.1.2 单细胞 RNA-seq数据收集
2.1.3 RNA-seq 分析流程
2.1.4 RNA 编辑位点的检测
2.1.5 可靠性检测
2.1.6 RNA 编辑位点的注释
2.1.7编辑位点在必需与非必需基因上的分布
2.2 结果
2.2.1 编辑位点在功能区的分布
2.2.2 编辑位点在染色体上的分布
2.2.3 RNA 编辑类型分布特点
2.2.4编辑频率的比较
2.2.5必需基因的关系
2.2.6 功能富集分析
2.2.7 RNA 编辑相关多能性基因
2.3 讨论
2.4 小结
第三章早期胚胎发育过程中ERV 的研究
3.1 材料和方法
3.1.1 序列信息文件下载
3.1.2 表达量的计算
3.1.3 ATAC-seq数据收集
3.1.4 ATAC-seq分析流程
3.1.5 染色质开放区域 Motif 分析
3.2 结果
3.2.1 ERV 的数量分布特征
3.2.2 ERV 在染色体上的分布特征
3.2.3 ERV 呈阶段特异性表达
3.2.4 ERV 富集的序列功能
3.2.5 ERV 的染色质开放状态
3.3 讨论
3.4 小结
第四章 RNA编辑与ERV 的相互关系的研究
4.1 材料和方法
4.1.1 提取含有 RNA 编辑位点的 ERV
4.1.2 鉴定 ERV相关基因和转录因子
4.1.3 ERV 序列及附近区域的 Motif 分析
4.1.4 ERV、ERV相关基因和转录因子的相关性
4.2 结果
4.2.1 ERV 上 RNA编辑位点分布
4.2.2 ERV 在外显子上的分布
4.2.3 ERV 上存在转录因子结合位点
4.2.4 ERV 上 RNA编辑位点处 motif 的序列特征
4.2.5 胚胎发育相关基因与 ERV 的相关性
4.3 讨论
4.4 小结
第五章结论
5.1 结论
5.2 主要创新
5.3 未来计划
参考文献
附录
致谢
个人简历
西北农林科技大学;
