DNA复制叉重启相关蛋白DnaT-ssDNA复合物结构和功能研究

声明

摘要

第一章 综述

1．1 大肠杆菌引发体的研究进展

1．1．1 大肠杆菌复制体的组成

1．1．2 大肠杆菌引发体组成及分类

1．1．3 大肠杆菌PriA依赖的引发体组成及功能

1．1．4 PriA依赖的引发体组装的分子机制

1．1．5 PriA依赖的引发体各组分蛋白的结构学研究进展

1．1．6 DnaT蛋白功能的相关研究进展

1．2 ssDNA结合结构域的结构生物研究进展概述

1．2．1 ssDNA结合结构域概述

1．2．2 OB fold结构域

1．2．3 KH domain结构域

1．2．4 RRM结构域

1．2．5 Whirly fold结构域

1．2．6 RecA-like fold结构域

1．2．7 DprA fold结构域

1．3 本篇拟解决的问题

第二章 DnaT的结构生物学和功能基础研究

2．1 实验材料与方法

2．1．1 基因克隆及表达质粒构建

2．1．2 重组蛋白表达与纯化

2．1．3 蛋白晶体生长

2．1．4 晶体数据收集与数据处理

2．1．5 DnaT84-153-dT15复合物的结构解析

2．1．6 荧光偏振实验

2．1．7 聚丙烯酰胺凝胶阻滞迁移实验

2．1．8 琼脂糖凝胶阻滞迁移实验

2．1．9 电镜负染实验

2．1．10 圆二色谱分析实验

2．1．11 分子排阻层析实验

2．2 实验结果

2．2．1 DnaT蛋白表达纯化与结晶

2．2．2 DnaT84-153-dT15复合物结构解析及模型质量评估

2．2．3 DnaT84-153-dT15复合物中ssDNA结构分析与对比

2．2．4 复合物结晶过程中DnaT蛋白发生降解

2．2．5 DnaT84-153-dT15复合物中蛋白质结构分析与对比

2．2．6 DnaT84-153-dT15复合物整体结构分析

2．2．7 DnaT84-153与ssDNA相互作用的模式

2．2．8 DnaT中参与ssDNA相互作用的关键氨基酸残基

2．2．9 DnaT蛋白的N端和C端对于协同性结合ssDNA发挥着重要作用

2．2．10 DnaT蛋白可以结合phiX-174 ssDNA形成核蛋白纤维

2．2．11 DnaT84-153-dT15复合物晶体结构揭示了一种新颖的ssDNA结合模式

2．2．12 DnaT-ssDNA核蛋白纤维可能发挥脚手架作用从而为后续引发体的组装奠定基础

2．2．13 DnaT和PriB相互作用的初步研究

本篇小结

参考文献

附录

致谢

在读期间发表的学术论文与取得的研究成果