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A system for automating the interpretation of Analytical Ultracentrifuge data.

机译：一种用于自动解释超速离心机数据的系统。

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摘要

In order to accelerate the development of knowledge about protein associations, further improvements to acquisition, sharing, and analysis of Analytical Ultracentrifugation (AU) data must be made. XML data formats have been defined to allow complete exchange of the information associated with an AU experiment. Extensible formats to record solution identity, instrument setup parameters, acquired data, and analysis of that data have been developed. A normalized relational database to allow storage and searching of this data has also been created. A computer program called PANDaS (Protein Association Network Data Server) was built to interact with any software conforming to the data exchange standard. Conforming software will be able to access centrifuge data with the complete context required for analysis. It is also possible to import existing data files to the database and convert them to the exchange format using the import tool described in this dissertation. Aggregation of multiple analysis results through PANDaS allows for machine-assisted interpretation of results from heterogeneous analysis techniques and multiple experiments. This common data exchange format and attendant software are necessary underpinnings that enable the diverse developers of AU analysis software to collaborate more effectively. Such collaboration facilitates the construction of a system of interacting software tools that will improve our understanding of molecular associations as the effectors of interesting biology.
机译：为了加速有关蛋白质关联的知识的发展，必须对分析超速离心（AU）数据的获取，共享和分析进行进一步的改进。 XML数据格式已定义为允许与AU实验相关的信息的完整交换。已经开发出可扩展的格式来记录解决方案标识，仪器设置参数，获取的数据以及对该数据的分析。还创建了一个标准化的关系数据库，以允许存储和搜索此数据。构建了一个称为PANDaS（蛋白质协会网络数据服务器）的计算机程序，可以与符合数据交换标准的任何软件进行交互。符合标准的软件将能够使用分析所需的完整上下文访问离心机数据。也可以使用本文介绍的导入工具将现有数据文件导入数据库，并将其转换为交换格式。通过PANDaS汇总多个分析结果，可以通过机器辅助解释来自异构分析技术和多个实验的结果。这种通用的数据交换格式和附带的软件是使AU分析软件的各种开发人员能够更有效地协作的必要基础。这种合作促进了相互作用的软件工具系统的构建，这将改善我们对作为有趣生物学效应子的分子缔合的理解。

著录项

  • 作者

    Langhorst, Bradley W.;

  • 作者单位

    University of New Hampshire.;

  • 授予单位 University of New Hampshire.;
  • 学科 Biology Molecular.; Biology Bioinformatics.; Biophysics General.
  • 学位 Ph.D.
  • 年度 2008
  • 页码 137 p.
  • 总页数 137
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 分子遗传学;生物物理学;
  • 关键词

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