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Performance of Hadoop based Replica Exchange Molecular Dynamics on cloud computing.

机译：基于Hadoop的副本交换分子动力学在云计算上的性能。

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摘要

Recently, cloud computing has emerged as a prevalent computing paradigm with the advantage of virtualization, scalability, fault tolerance, and a usage based pricing model. Replica Exchange Molecular Dynamics (REMD), as a scientific application, is a technique which can improve the sampling of the potential energy during the process of Molecular Dynamics. Because of its inherent parallel feature, it is realistic to be converted to a cloud computing application. In our work, we implemented Hadoop based REMD on both cloud computing and parallel computing platforms. The performance of REMD was tested on both platforms and the advantage of cloud computing platform was illustrated.
机译：近年来，云计算已经成为一种流行的计算范例，它具有虚拟化，可伸缩性，容错和基于使用情况的定价模型的优势。复制交换分子动力学（REMD）作为一种科学应用，是一种可以改善分子动力学过程中势能采样的技术。由于其固有的并行功能，将其转换为云计算应用程序是现实的。在我们的工作中，我们在云计算和并行计算平台上实现了基于Hadoop的REMD。在两个平台上都测试了REMD的性能，并说明了云计算平台的优势。

著录项

  • 作者

    Niu, Jin.;

  • 作者单位

    Southern University and Agricultural and Mechanical College.;

  • 授予单位 Southern University and Agricultural and Mechanical College.;
  • 学科 Biology Bioinformatics.;Computer Science.
  • 学位 M.S.
  • 年度 2013
  • 页码 54 p.
  • 总页数 54
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
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