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Age dependent QTL analysis using Gibbs sampling for random effects models.

机译：使用Gibbs抽样的年龄效应QTL分析，用于随机效应模型。

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摘要

Repeated measurements of traits contain more information than a single cross-sectional measurement for inference on age-dependent genetic effects in humans. However, most existing linkage analysis approaches either use only derived summary measures from the repeated measurements or are only applicable to very limited patterns of age-dependent genetic effects. This thesis provides a general extended variance components approach using Markov Chain Monte Carlo (MCMC) methods to fully utilize data collected longitudinally in extended human families to calculate age-dependent heritabilities for quantitative trait loci (QTL) as well as other parameters of interest.; We first developed the model and methodology assuming that we have complete data on all members of the extended families. This model allowed for a polynomial representation of the QTL genetic effect, but limited the residual genetic effect to a scalar. We examined the behavior of this approach under various priors and sample sizes. For each scenario we used a burn in of 10,000 iterations. Our estimates for the distributions of the parameters are drawn from every 50th iteration of the last 30,000 iterations. We extended these strategies to situations where phenotype data could be missing on some individuals in the pedigrees. Assuming an ignorable missing mechanism, data augmentation methods were applied to incorporate missing data. Finally, we used the Deviance Information Criterion for model selection.; We found that non-informative priors and large sample sizes (3000) yielded the best resulting distributions of the parameters. In addition to simulation studies, we applied our method to high-density lipoprotein (HDL) data collected in the Framingham Heart Study. This application used data collected from 1971 to 1996 in the Framingham Offspring Study and genotype data for the marker GATA184A08 on chromosome 6. The Deviance Information Criteria was used for model comparisons. A quadratic age dependent model provided the best fit among the models we considered. In these data there is clear evidence that the quantitative trait locus effect on chromosome 6 is increasing among people aged 40 to 70. We conclude that these procedures may provide a useful tool for evaluating age-dependent genetic effects in data collected longitudinally.
机译：重复测量性状所包含的信息要比单个横截面测量所包含的信息更多，以推断人类中与年龄有关的遗传效应。但是，大多数现有的连锁分析方法要么仅使用从重复测量中得出的汇总测量值，要么仅适用于年龄依赖性遗传效应的非常有限的模式。本文提供了一种使用马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法的一般扩展方差成分方法，以充分利用扩展人类家庭纵向收集的数据来计算数量性状基因座（QTL）以及其他相关参数的年龄相关遗传力。我们首先假设拥有大家庭所有成员的完整数据，首先开发了模型和方法。该模型允许QTL遗传效应的多项式表示，但将残余遗传效应限制为标量。我们研究了在各种先验条件和样本量下这种方法的行为。对于每种情况，我们使用了10,000次迭代的刻录。我们对参数分布的估计是从最近30,000次迭代中的第50次迭代得出的。我们将这些策略扩展到谱系中某些个人可能缺少表型数据的情况。假定丢失机制可忽略，应用了数据增强方法来合并丢失数据。最后，我们使用偏差信息准则进行模型选择。我们发现，非信息性先验样本和大样本量（3000）产生了最佳的参数分布结果。除了模拟研究，我们还将我们的方法应用于Framingham心脏研究中收集的高密度脂蛋白（HDL）数据。该应用程序使用了1971年至1996年在Framingham后代研究中收集的数据以及第6号染色体上的标记GATA184A08的基因型数据。偏差信息标准用于模型比较。在我们考虑的模型中，与年龄相关的二次方模型最适合。在这些数据中，有明确的证据表明40至70岁的人群中对6号染色体的定量性状基因座效应正在增加。我们得出的结论是，这些程序可能为评估纵向收集的数据中的年龄依赖性遗传效应提供有用的工具。

著录项

  • 作者

    Zhang, Fang.;

  • 作者单位

    Boston University.;

  • 授予单位 Boston University.;
  • 学科 Biology Biostatistics.; Biology Genetics.
  • 学位 Ph.D.
  • 年度 2005
  • 页码 174 p.
  • 总页数 174
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 生物数学方法;遗传学;
  • 关键词

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