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首页> 外文学位 >Characterization of sequence variation in viral genomes of wild type and vaccine strains of infectious laryngotracheitis virus (ILTV) using next generation sequencing.
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Characterization of sequence variation in viral genomes of wild type and vaccine strains of infectious laryngotracheitis virus (ILTV) using next generation sequencing.

机译：使用下一代测序技术对野生型和传染性喉气管炎病毒（ILTV）疫苗株的病毒基因组中的序列变异进行表征。

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摘要

The study was conducted to identify the unique variations in wild type and vaccine strain of ILTV genomes to obtain complete mutations within the entire genomes compared to a reference ILTV genome sequence ( Gallid herpesvirus 1, complete genome; GenBank accession number NC_006623). Genomes of one wild type and two vaccine ILTV strains were sequenced using Illumina Genome Analyzer 2X of 36 cycles of single-end read. Analysis of the ILTV genome sequences was carried out using a trial version of DNAStar software (including NGen, SeqMan Pro, Gen Vision), Blastx and Microsoft Excel. Results showed many amino acid differences distributed across the viral protein coding regions of the three ILTV genomes compared to the reference genome sequence. The sequence differences demonstrated the spectrum of variability among the wild type and vaccine strains. Moreover, the results also revealed 52 genes with complete conservation across the 3 strains. These data demonstrated the potential of high-throughput sequencing technology to yield insight of the sequence variation in different ILTV strains. This information can be used to discriminate between wild type and vaccine strains, or among vaccines strains, and further, to identify newly emerging mutant strains. The conserved coding sequences among various ILTV strains can be promising targets to discover a universal, safer vaccine against ILTV.;KEYWORDS: ILTV genome, Illumina sequencing, variation.
机译：进行该研究以鉴定ILTV基因组的野生型和疫苗株中的独特变异，从而获得与参考ILTV基因组序列（胆囊疱疹病毒1，完整基因组； GenBank登录号NC_006623）相比在整个基因组中的完整突变。使用Illumina Genome Analyzer 2X对一种野生型和两种疫苗ILTV菌株的基因组进行了36个单端读取循环的测序。 ILTV基因组序列的分析是使用DNAStar软件的试用版（包括NGen，SeqMan Pro，Gen Vision），Blastx和Microsoft Excel进行的。结果显示，与参考基因组序列相比，在三个ILTV基因组的病毒蛋白编码区中分布了许多氨基酸差异。序列差异证明了野生型和疫苗株之间的变异性谱。此外，结果还揭示了52个基因，在3个菌株中具有完全的保守性。这些数据证明了高通量测序技术具有潜力，可洞察不同ILTV菌株中的序列变异。该信息可用于区分野生型和疫苗株，或疫苗株，并进一步鉴定新出现的突变株。各种ILTV菌株之间保守的编码序列可能是发现针对ILTV的通用，更安全疫苗的有希望的靶标。关键词：ILTV基因组，Illumina测序，变异。

著录项

  • 作者

    Chandra, Yohanna Gita.;

  • 作者单位

    University of Arkansas.;

  • 授予单位 University of Arkansas.;
  • 学科 Biology Molecular.;Biology Virology.;Biology Bioinformatics.
  • 学位 M.S.
  • 年度 2011
  • 页码 106 p.
  • 总页数 106
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
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