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Design of a workflow management system for BLAST servers using Jini and JavaSpaces.

机译：使用Jini和JavaSpaces设计用于BLAST服务器的工作流管理系统。

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摘要

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is an important DNA and protein similarity tool. It can give evolution and functionality information about unknown genes by comparing them with well studied genes in a database. BLAST search may query many DNA or protein sequences against a huge collection of databases. Today, it is normal that one biological laboratory performs BLAST searches for thousands of sequences in its daily research activities. The performance of the BLAST search implementation is a bottleneck of such activities. In this thesis, we present a design of a new distributed BLAST cluster system using Jini and JavaSpaces technology. This system contains a set of BLAST servers. Each server has a partition of a database against which BLAST algorithms may be executed. This thesis focuses on designing a workflow management system which coordinates the work of distributed jobs. Jini and JavaSpaces provide an easy way to exchange program code and data over a network. We found it is easy to implement a workflow management application in a distributed computing environment using Jini technology. Although this system is for BLAST search, we found it is not difficult to modify it to fit other distributed computing tasks.
机译：BLAST（基本局部比对搜索工具）是重要的DNA和蛋白质相似性工具。通过将未知基因与数据库中经过充分研究的基因进行比较，它可以提供有关未知基因的进化和功能信息。 BLAST搜索可能会针对大量数据库查询许多DNA或蛋白质序列。如今，一个生物实验室在其日常研究活动中执行BLAST搜索数千个序列是正常的。 BLAST搜索实现的性能是此类活动的瓶颈。在本文中，我们提出了一种使用Jini和JavaSpaces技术的新型分布式BLAST集群系统的设计。该系统包含一组BLAST服务器。每个服务器都有一个数据库分区，可以对其执行BLAST算法。本文着重设计一种工作流管理系统，以协调分布式工作的工作。 Jini和JavaSpaces提供了一种通过网络交换程序代码和数据的简便方法。我们发现使用Jini技术在分布式计算环境中实现工作流管理应用程序很容易。尽管此系统用于BLAST搜索，但我们发现对其进行修改以适应其他分布式计算任务并不困难。

著录项

  • 作者

    Li, Yang.;

  • 作者单位

    Concordia University (Canada).;

  • 授予单位 Concordia University (Canada).;
  • 学科 Computer Science.
  • 学位 M.Comp.Sc.
  • 年度 2003
  • 页码 99 p.
  • 总页数 99
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 自动化技术、计算机技术;
  • 关键词

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