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【24h】

The construction of a Gossypium AD-genome-wide comprehensive reference map based on diverse data resources.

机译：基于多样化的数据资源，构建了一个全基因组全基因组全基因组综合参考图谱。

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摘要

Integration of two or more genomic maps provides a higher density of markers and greater genome coverage than can be obtained with the resources available for a single mapping study. Map integration is important in any species for which an annotated complete genome sequence is not available. For organisms currently being sequenced, a pre-sequence integrated map is essential to provide the "backbone" for assembly of the sequence. Map integration also facilitates the identification and resolution of discrepancies among different maps; mapping of QTLs, ESTs, and BACs; and positioning of candidate genes. However, the inconsistencies in markers and populations used in individual mapping studies limit our ability to fully integrate the available data. By concentrating on marker orders rather than marker distances, one can join together published map data to include a majority of markers with the best estimate of their order in the genome. In this study, a comprehensive reference map was constructed from 28 published cotton AD genome maps. The output reference map contains 7,424 markers and represents over 93% of the combined mapping information from the 28 individual AD genome genetic maps. This study applied the use of bioinformatics and computational biology in cotton genome mapping integration. The output will be stored and displayed through CottonDB (http://www.cottondb.org), a public cotton genome database.
机译：与可用于单个作图研究的资源相比，整合两个或更多个基因组图谱可提供更高的标记密度和更大的基因组覆盖范围。在没有注释完整基因组序列的任何物种中，地图整合都很重要。对于目前正在测序的生物，预先整合序列图对于提供序列组装的“骨架”至关重要。地图集成还有助于识别和解决不同地图之间的差异； QTL，EST和BAC的映射；和候选基因的定位。但是，在个体测绘研究中使用的标记和种群的不一致限制了我们完全整合可用数据的能力。通过专注于标记顺序而不是标记距离，人们可以将已发布的地图数据结合在一起，以包括大多数标记，它们对基因组的顺序具有最佳估计。在这项研究中，从28个发布的棉花AD基因组图谱构建了全面的参考图谱。输出参考图包含7,424个标记，代表来自28个单独的AD基因组遗传图的组合图信息的93％以上。这项研究将生物信息学和计算生物学的应用应用于棉花基因组图谱整合中。输出将通过公共棉花基因组数据库CottonDB（http://www.cottondb.org）存储和显示。

著录项

  • 作者

    Yu, Jing.;

  • 作者单位

    Texas A&M University.;

  • 授予单位 Texas A&M University.;
  • 学科 Agriculture Agronomy.;Biology Bioinformatics.;Agriculture Plant Culture.
  • 学位 Ph.D.
  • 年度 2009
  • 页码 221 p.
  • 总页数 221
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
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