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Zeolites to peptides: Statistical mechanics methods for structure solution and property evaluation.

机译：沸石转肽：用于结构解和性能评估的统计力学方法。

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摘要

Methods in statistical mechanics are used to study structure and properties of zeolites and peptides. A Monte Carlo method is applied to solve structure of a newly synthesized zeolite. Understanding the structure of a zeolite could lead to optimization of chemical processes it is involved in. Dielectric constant and elastic modulus are calculated using a molecular dynamics method for a pure silica zeolite with and without the structure directing agent used in its synthesis. These properties are of interest due to the potential use of this zeolite as low dielectric constant material in manufacturing integrated circuits. Results of four methods probing energy landscapes in peptides are compared for four cyclic peptides. Their ability to equilibrate structural properties and their relative speeds are important in their ability to simulate complex structures. A docking study is carried out to probe interactions between two proteins, Cripto and Snail, and E-cadherin promoter. The study supports experimental evidence that Cripto is involved in expression of E-cadherin through a promoter priming mechanism. Finally, the use of computational models in the design of better vaccines is illustrated through an example of Influenza.
机译：统计力学中的方法用于研究沸石和多肽的结构和性质。蒙特卡罗方法被用来解决新合成的沸石的结构。了解沸石的结构可以优化其所涉及的化学过程。使用分子动力学方法，对在合成中使用和不使用结构导向剂的纯二氧化硅沸石，使用分子动力学方法计算介电常数和弹性模量。这些特性是令人感兴趣的，这是由于该沸石在制造集成电路中作为低介电常数材料的潜在用途。比较了四种探测肽中能量分布的方法的结果，以得到四种环肽。它们平衡结构特性和相对速度的能力对于模拟复杂结构的能力很重要。进行了对接研究，以探测两种蛋白质Cripto和Snail以及E-cadherin启动子之间的相互作用。该研究支持实验证据，表明Cripto通过启动子启动机制参与E-cadherin的表达。最后，以流感为例说明了计算模型在设计更好的疫苗中的使用。

著录项

  • 作者

    Pophale, Ramdas S.;

  • 作者单位

    Rice University.;

  • 授予单位 Rice University.;
  • 学科 Engineering Materials Science.
  • 学位 Ph.D.
  • 年度 2009
  • 页码 218 p.
  • 总页数 218
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 工程材料学;
  • 关键词

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