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Protein-protein interactions in poliovirus polymerase: Computational and biochemical investigations.

机译：脊髓灰质炎病毒聚合酶中的蛋白质-蛋白质相互作用：计算和生化研究。

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摘要

Computational prediction of macromolecular interactions is both feasible and useful, especially when it provides detailed, specific hypotheses that can be subjected to experimental validation. This thesis has presents three projects, docking the peptide VPg to the poliovirus polymerase, modeling lateral associations of polymerase fibers to form a two dimensional lattice and modeling lateral contacts in Tubulin and FTSZ. VPg docking involved algorithms that accommodate flexible ligands while polymerase-polymerase modeling required clustering and constraint propagation based on a repeatable unit-cell substructure. Applying the computational method to FTSZ and Tubulin required generalization of the method to allow any protein structure as input.; The experimental validation of the computational approach described in this thesis argues that lateral contacts can be successfully modeled using surface correlation docking followed by clustering based on geometric constraints such as parsimony and repeatability. The VPg binding and activity studies in chapter 2, the site-directed mutagenesis of the polivirus polymerase described in chapter 3 and the validation of lateral contacts in tubulin discussed in chapter 4 all present strong evidence that computational modeling is a powerful tool for hypothesis generation. Used together with site-directed mutagenesis, modeling prunes the hypothesis space and reduces the time and reagents necessary to experimentally probe a protein-protein interaction.
机译：大分子相互作用的计算预测既可行又有用，特别是当它提供了可以接受实验验证的详细的特定假设时。本文提出了三个项目，将肽VPg对接至脊髓灰质炎病毒聚合酶，对聚合酶纤维的横向缔合形成二维晶格进行建模，并对Tubulin和FTSZ中的横向接触进行建模。 VPg对接涉及容纳灵活配体的算法，而聚合酶-聚合酶建模则需要基于可重复的单元细胞亚结构的聚类和约束传播。将计算方法应用于FTSZ和微管蛋白需要方法的一般化，以允许任何蛋白质结构作为输入。本文所描述的计算方法的实验验证表明，可以使用表面相关对接以及基于几何约束（如简约性和可重复性）的聚类成功地对侧向接触进行建模。第2章中的VPg结合和活性研究，第3章中所述的对杆状病毒聚合酶的定点诱变和第4章中讨论的微管蛋白侧向接触的验证均提供了有力的证据，表明计算模型是生成假设的强大工具。与定点诱变一起使用时，建模可以修剪假设空间，并减少实验探测蛋白质与蛋白质相互作用所需的时间和试剂。

著录项

  • 作者

    Tellez, Andres Bayani.;

  • 作者单位

    Stanford University.;

  • 授予单位 Stanford University.;
  • 学科 Biology Microbiology.; Biology Bioinformatics.; Computer Science.
  • 学位 Ph.D.
  • 年度 2008
  • 页码 107 p.
  • 总页数 107
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 微生物学;自动化技术、计算机技术;
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