距离约束分子动力学计算低聚核苷酸d(GGTATACC)2溶液中三维结构

阎江丽; 王黎明; 张晓东; 张友杰; 毛希安; 沈联芳

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距离约束分子动力学计算低聚核苷酸d(GGTATACC)2溶液中三维结构

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8聚核苷酸d(GGTATACC)2溶液中的三维结构通过简单的高温和低温动力学计算以及能量优化的方法获得.计算中以标准B型双螺旋DNA为初始结构,加上螺旋间的20个氢键约束和由核磁共振NOESY谱获得的186个NOE约束,另外还加入二面角约束32个.计算所得的6个低能(-302±5kJ/mol)优势构象的均方根偏差(rmsd值)均小于0.06 nm,平均均方根偏差为0.043inm,从优化结构反算所得的NOE谱与实验数据相吻合.计算结果表明,所加各约束项合理,优化结构具有较高的可信度.

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来源
《化学学报》 |1998年第8期|799-806|共8页
作者
阎江丽; 王黎明; 张晓东; 张友杰; 毛希安; 沈联芳;
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作者单位

中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室;

武汉;

430071;

华中师范大学分析测试中心;

武汉;

430079;

中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室;

武汉;

430071;

中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室;

武汉;

430071;

华中师范大学分析测试中心;

武汉;

430079;

中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室;

武汉;

430071;

中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室;

武汉;

430071;

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正文语种 chi
中图分类化学;
关键词
d(GGTATACC)2;

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