冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库的建立

吴玥; 向志光; 高苒; 孔琪

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冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库的建立

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目的构建冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库,从基因表达水平比较冠状病毒感染人和动物模型后的异同,为动物实验与临床研究提供数据支撑。方法从GEO、ArrayExpress等数据库中下载冠状病毒(以SARS-CoV、SARS-CoV-2、MERS-CoV为主)感染动物模型与人的转录组数据,对测序数据进行质控、标准化、去除批次效应,分析不同病毒株在感染不同物种、细胞或组织后所引起的基因表达变化,构建基于Django网络应用框架的数据库,建立检索界面,提供数据分析与可视化展示功能。结果本研究系统性整理了43套测序数据集,建立了冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库。数据库包含3种冠状病毒、4个物种、14种组织/细胞、2373个样本。数据库展示不同基因在不同物种、不同病毒株、不同感染时间、不同滴度、不同细胞或组织中的表达差异。同时嵌入生物信息学分析工具可挖掘基因表达差异,富集差异基因的分子功能、信号通路,并预测对细胞的潜在影响。结论本文建立了冠状病毒感染动物模型比较转录组学数据库。可为冠状病毒感染动物模型基因表达水平研究提供数据资源和分析工具。

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来源
《中国实验动物学报》 |2022年第1期|92-99|共8页
作者
吴玥; 向志光; 高苒; 孔琪;
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作者单位

中国医学科学院医学实验动物研究所;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类动物学实验（实验动物学）、动物学技术;
关键词
冠状病毒; 数据库; SARS-CoV-2; 动物模型; 基因表达; 比较分析;

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