海洋细菌Pseudoalteromonas sp.NJ631中NRPS基因簇及核心模件的发掘

陈威; 朱鹏; 何山; 金海晓; 严小军

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【目的】运用基因组信息发掘技术(Genome Mining)对海洋细菌Pseudoalteromonas sp.NJ631基因组中的非核糖体肽合成酶(Nonribosomal peptides synthetases,NRPSs)基因簇资源及其核心模件进行发掘分析,旨在为Pseudoalteromonas属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides,NRPs)的发现提供理论依据和数据支持。【方法】依托第二代测序技术获得的Pseudoalteromonas sp.NJ631基因组序列草图,在分析其次生代谢产物编码基因的基础上,利用NRPS-PKS knowledgebase在线预测软件鉴定潜在的NRPSs基因簇,并对其基因组中的NRPSs核心模件腺苷酰化(Adenylation,A)结构域编码基因信息进行发掘。【结果】在NJ631基因组序列草图中发现3个典型结构组成的NRPSs基因簇,命名为NGC1、NGC2和NGC3,分别位于scaffold6,9和11。进一步的结构域预测分析表明,3个NRPSs基因簇均含有3个ORFs,其中NGC1编码7个NRPSs模块;NGC2和NGC3均编码6个NRPSs模块。对A结构域的信息发掘显示NJ631基因组中含有38个A结构域编码基因,特异性选择18种氨基酸底物。【结论】通过运用基因组信息发掘技术对海洋细菌Pseudoalteromonas sp.NJ631全基因组信息进行NRPSs基因簇及核心模件A结构域的发掘分析,结果提示,通常只在放线菌或真菌中发现的NRPSs基因资源也在Pseudoalteromonas属中大量存在。研究结果也为今后Pseudoalteromonas属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides,NRPs)的发现提供理论依据。

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来源
《微生物学报》 |2012年第12期|1531-1539|共9页
作者
陈威; 朱鹏; 何山; 金海晓; 严小军;
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作者单位

宁波大学;

应用海洋生物技术教育部重点实验室;

宁波315211;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类微生物遗传学;
关键词
海洋细菌; 非核糖体肽合成酶; 腺苷酰化结构域; 基因组信息发掘;

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