基于全长转录组的盐生草WRKY基因家族的鉴定及其盐胁迫响应模式分析

陈倩; 徐晓芸; 汪军成; 姚立蓉; 司二静; 杨轲; 韦晓玲; 马小乐; 李葆春; 尚勋武; 孟亚雄; 王化俊

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WRKY是一类植物特有的转录因子,尤其在植物生长、发育和逆境过程中起到至关重要的作用。为了鉴定盐生草WRKY基因家族成员、揭示其进化关系及探究HgWRKYs基因在盐胁迫下的表达响应模式,本研究基于盐生草全长转录组数据,利用生物信息学方法对其WRKY转录因子进行鉴定与分析,并通过qRT-PCR方法检测了HgWRKYs家族成员在盐胁迫下的相对表达量。结果表明,在盐生草转录组中共鉴定出31个HgWRKYs,氨基酸数介于220~611 aa,其蛋白N端均具有完整的WRKYGQK保守序列;除HgWRKY20和HgWRKY21同时分布于细胞核和线粒体外,其余HgWRKY基因均位于细胞核;系统进化分析将其分为Ⅰ(8个)、Ⅱ(22个)、Ⅲ(1个)三类,第Ⅱ类进一步分为Ⅱ-a(1个)、Ⅱ-b(2个)、Ⅱ-c(1个)、Ⅱ-d(15个)和Ⅱ-e(3个)5个亚类;Motif 1和Motif 2是HgWRKYs基因家族的特征基序,在进化过程中较为保守。qRT-PCR结果表明,HgWRKYs主要在根系中表达,具有组织特异性,其中HgWRKY19、HgWRKY23和HgWRKY27基因在24 h的表达量最高,将其作为盐胁迫响应候选基因,以期为后续研究盐生草WRKY基因响应盐胁迫的分子机制提供依据。

著录项

来源
《草业学报》 |2022年第12期|146-157|共12页
作者
陈倩; 徐晓芸; 汪军成; 姚立蓉; 司二静; 杨轲; 韦晓玲; 马小乐; 李葆春; 尚勋武; 孟亚雄; 王化俊;
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作者单位

省部共建干旱生境作物学国家重点实验室;

甘肃农业大学农学院;

甘肃农业大学生命科学技术学院;

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正文语种 chi
中图分类植物学;
关键词
盐生草; WRKY基因家族; 盐胁迫; 生物信息学;

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