鲫鱼(Carassius auratus)表达序列标签资源的SSR构成与分布分析

杨曦

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分析鲫鱼EST资源的SSR信息,为开发EST-SSR标记奠定基础.从GenBank中获得鲫鱼EST序列,然后用Sequencher 4.8软件进行序列拼接得到Uni-EST序列,再通过SciRoKo 3.4软件扫描Uni-EST序列中的SSR,最后得出EST-SSR的分布特征、频率和重复基元类型等特征.通过搜索共获得9 230条鲫鱼EST原始序列,通过使用计算机软件进行预处理共得到全长为3.81×106 bp的无冗余Uni-EST 7 092条.在这些序列中共搜索出597个SSR位点,分布在545条Uni-EST序列中,发生频率为8.13％,EST-SSR的平均长度为(19.34±6.23) bp,平均每Mb含156.55个SSR位点.单核苷酸重复在鲫鱼EST-SSR中占主导地位,发生频率为39.53％,其次为二核苷酸重复,发生频率为36.68％以及三核苷酸重复的15.41％.在所有非单核苷酸重复基元中,AC基元出现频率最高,其次为AG.设计出引物404对.最后得出结论鲫鱼EST中SSR出现的频率较高,并且类型较为丰富,为进行遗传多样性分析和重要经济性状筛选等方面的研究提供了基础和指导.

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来源
《生物技术通报》 |2012年第11期|139-143|共5页
作者
杨曦;
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作者单位

广东省微生物研究所广东省菌种保藏与应用重点实验室广东省华南应用微生物重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地广东省应用新技术公共实验室,广州510070;

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正文语种 chi
中图分类
关键词
鲫鱼; 表达序列标签; EST-SSR;

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