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拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点分析

         

摘要

根据拟穴青蟹(Scylla paramamosain)线粒体全序列设计引物,采用PCR产物双向测序法,克隆了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因部分序列(761 bp),并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs位点.共分析了采自福建省宁德市的16只拟穴青蟹,另外,从GenBank数据库中下载了31条前人提交的拟穴青蟹COI基因序列(长度在425-522 bp之间).利用MEGA 4.0软件对所有序列进行比对分析,结果表明碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.6%、17.8%、28.9%和15.7%,G+C的含量平均为33.5%.分析结果表明,在所克隆的761bp的COI基因序列中共发现29个SNPs位点,其出现频率为3.8%.在这29个SNPs位点中,13个为C/T转换(占44.8%),12个为A/G转换(占41.4%),2个为A/T颠换(占6.90%),1个为G/C颠换(占3.45%),另有一个位点(201 bp处)发生了A/C颠换和C/T转换两种类型的碱基替换.氨基酸分析表明,在29个SNPs位点中,有9个位点属于非同义突变,引起了氨基酸的变化;其他20个位点属于同义突变,未引起氨基酸的变化.这将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记.

著录项

  • 来源
    《生物技术通报》 |2011年第7期|111-116|共6页
  • 作者单位

    中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室;

    上海200090;

    上海海洋大学水产与生命学院;

    上海201306;

    中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室;

    上海200090;

    中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室;

    上海200090;

    中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室;

    上海200090;

    上海海洋大学水产与生命学院;

    上海201306;

    中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室;

    上海200090;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类
  • 关键词

    拟穴青蟹; COI基因; SNPs; 聚合酶链式反应;

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