基于分子对接虚拟筛选铜绿假单胞菌胞外酶exoS抑制剂的研究

陈双扣; 唐思; 谭小庆; 徐曦; 任风鸣; 管天冰; 孙静怡; 胡新龙

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基于分子对接虚拟筛选铜绿假单胞菌胞外酶exoS抑制剂的研究

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铜绿假单胞菌是引起宿主防御机制受损患者严重感染的重要原因。胞外酶S(exoS)为铜绿假单胞菌III型分泌系统(T3SS)分泌的毒力因子之一,是维持细菌在宿主体内繁殖的重要步骤。因此,本文首先运用虚拟筛选的方法学研究,确定exoS的6GNJ靶点蛋白为应用于分子对接虚拟筛选的最佳对接模型。随后利用分子对接、结构相似性筛选和类药性评价等多种策略,从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中筛选出4个命中分子。分子对接显示MOL008550和MOL001870与exoS受体蛋白具有强氢键作用和疏水相互作用,表现出较高的结合亲和力,为前2位最佳命中分子。结合分子动力学模拟分析发现,MOL008550和MOL001870与exoS受体蛋白的复合物比参考化合物(F4W501)具有更有利的动态稳定性。结合自由能计算显示,MOL008550和MOL001870的结合自由能强于F4W501,且与exoS受体蛋白的作用方式和F4W501类似,主要为静电、疏水作用及范德华力促进两者间的结合,其可能对exoS表现出更高的抑制活性,为潜在的exoS靶向小分子抑制剂。虚拟筛选活性化合物并探究其与胞外酶S的互作模式及动力学稳定性,为开发新型的高效靶向exoS抑制剂提供了研究思路和物质参考。

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来源
《化学研究与应用》 |2023年第7期|1624-1634|共11页
作者
陈双扣; 唐思; 谭小庆; 徐曦; 任风鸣; 管天冰; 孙静怡; 胡新龙;
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作者单位

重庆科技学院化学化工学院;

重庆市药物种植研究所;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类中药化学;
关键词
铜绿假单胞菌; 胞外酶; 分子对接; 虚拟筛选; 分子动力学模拟;

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