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貂阿留申病病毒结构蛋白VP1基因分子特征分析

         

摘要

目的研究貂阿留申病病毒(ADV)结构蛋白VP1基因分子空间结构特征,探讨貂阿留申病病毒致病机制.方法根据Genbank公布的全基因序列设计三对引物,PCR扩增并克隆到pMD-18T载体,阳性重组质粒鉴定、测序验证,拼接后进行生物信息学分析.结果获得了全长2064 bp VP1基因,编码688个氨基酸;与细小病毒属中PPV-Nanjing00801相似性最大(51.2%);遗传进化树显示该基因编码蛋白与细小病毒属VP1亲缘关系最近.该蛋白是一种保守不含信号肽的外膜蛋白,具有7个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点.二级结构分析显示无规则卷曲含量最高,达68.75%,α螺旋、β折叠分别为16.42%和14.83%;同源建模比对,构建了具有较高合理性和可靠性的三维空间结构.结论预测抗原表位主要位于肽链第254~265、96~112、317~348、514~523、629~645位区段,可为今后开展基因工程疫苗研究奠定基础.

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