基于MapReduce的模体发现算法

霍红卫; 林帅; 于强; 张懿璞

首页> 中文期刊> 《中国科技论文》 >基于MapReduce的模体发现算法

基于MapReduce的模体发现算法

开具论文收录证明 >>

期刊封面封底目录下载 >>

文献代查 >>

页面导航

摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

模体发现对于基因发现和理解基因调控关系有着重要的意义,它是生物信息学中最具挑战性的问题之一。提出了针对PMSP算法的3种数据划分方法,并在此基础上提出了基于MapReduce的模体发现算法（PMSPMR）。针对不同难度的问题,在Hadoop集群上的实验结果表明,PMSPMR算法具有良好的可扩展性。特别地,对于难度较大的模体发现问题实例,PMSPMR算法的加速比接近于Hadoop集群中节点的数目。此外,对于真实数据的实验,PMSPMR算法能够识别出真核细胞和酿酒酵母中已知的转录调控模体,表明了算法的有效性。

著录项

来源
《中国科技论文》 |2012年第7期|P.487-494502|共9页
作者
霍红卫; 林帅; 于强; 张懿璞;
展开▼
作者单位

西安电子科技大学计算机学院,西安710071;

展开▼
原文格式 PDF
正文语种 CHI
中图分类算法理论;
关键词
模体发现; 数据划分; 可扩展性;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. 基于MapReduce的模体发现算法 [J] . 霍红卫 ,林帅 ,于强 . 新型工业化 . 2012,第009期
2. 基于 MapReduce 的模体发现算法 [J] . 霍红卫 ,林帅 ,于强 . 中国科技论文 . 2012,第007期
3. 基于子序列全连接和最大团的时间序列模体发现算法 [J] . 朱跃龙 ,朱晓晓 ,王继民 . 计算机应用 . 2019,第002期
4. 基于染色质免疫共沉淀的高通量测序数据集的顺式调控模体发现算法 [J] . 冯艳霞 ,张志红 ,张少强 . 计算机应用 . 2018,第006期
5. 基于PSO的不确定时间序列模体发现算法 [J] . 王菊 ,刘付显 ,靳春杰 . 系统工程与电子技术 . 2018,第007期
6. 基于MapReduce虚拟机的Deep Web数据源发现方法 [C] . 辛洁 ,崔志明 ,赵朋朋 . 《通信学报》学术论坛暨2011云计算学术会议 . 2011
7. 基于MapReduce的模体发现问题算法研究 [A] . 林帅 . 2012

基于MapReduce的模体发现算法

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅