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鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异对血清IgG含量的影响

         
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摘要

旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异(Copy number variation,CNV)对血清IgG含量的影响.采用鸡60 K SNP芯片对995只北京油鸡进行分型,同时测定80日龄IgG含量.分别采用PennCNV、Haplo-view 4.1和PHASE 2.0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析.结果发现,该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区.Block1(59 984～73 717 bp)单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型,其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1.45倍(P＜0.05);Block2(102 256～138 076 bp)内发现9种单倍型和9种常见双倍型,不同型之间差异不显著(P＞0.05).CNV1(6 471～59 984 bp)是稀有型拷贝数变异区;CNV2(201 882～299 166 bp)缺失型IgG含量是增加型的1.25倍(P＜0.05).分析挑选出8个与IgG抗体含量相关的SNP位点,结果发现Gga_rs16057310、Gga_rs15788237及Gga_rs15788101不同基因型之间差异显著(P＜0.05).结果表明:Block1和拷贝数变异CNV2(201 882～299 166 bp)及SNP位点Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga_rs15788101对IgG含量有显著影响,位于这些区域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC与免疫机能相关的重要基因.

著录项

  • 来源
    《畜牧兽医学报》 |2013年第9期|1355-1362|共8页
  • 作者

    周伟; 刘冉冉; 郑麦青; 文杰; 赵桂苹; 陈国宏; 常国斌; 张磊; 孙艳发;

  • 作者单位

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,动物营养学国家重点实验室,北京100193;

    扬州大学动物科学与技术学院,扬州225009;

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,动物营养学国家重点实验室,北京100193;

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,动物营养学国家重点实验室,北京100193;

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,动物营养学国家重点实验室,北京100193;

    扬州大学动物科学与技术学院,扬州225009;

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,动物营养学国家重点实验室,北京100193;

    扬州大学动物科学与技术学院,扬州225009;

    扬州大学动物科学与技术学院,扬州225009;

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,动物营养学国家重点实验室,北京100193;

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,动物营养学国家重点实验室,北京100193;

    扬州大学动物科学与技术学院,扬州225009;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 遗传、育种;
  • 关键词

    鸡; 16号染色体; CNV; 单倍型和双倍型; 血清IgG;

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