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肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析

         

摘要

旨在鉴定和分析肉鸡肌肉和脂肪组织基因组差异剪接基因(differential splicing gene,DSG).本研究采用Illumina Hiseq 2500测序平台对AA肉鸡胸肌和腹部脂肪组织各3个样品进行转录组测序,使用rMATS软件检测样品中可变剪接事件(alternative splicing,AS)和组织间的DSG,并对DSG进行GO功能富集和KEGG通路分析.结果表明,在肉鸡肌肉和脂肪组织中分别检测到(5 966.00±111.66)和(6 757.00±156.51)个可变剪接事件(P=0.002).5种可变剪接类型中以外显子跳跃(skipped exon,SE)为主,分别占肌肉和脂肪组织中可变剪接事件总数量的54.92%和52.67%.肌肉和脂肪组织基因组间检测到513个显著的DSGs.GO基因富集分析发现,93个DSGs显著富集于细胞组分和分子功能中.信号通路分析发现,31个DSGs富集在肌动蛋白细胞骨架调节、焦点粘连、丙酮酸代谢和细胞内吞作用信号通路中,其中14个DSGs在肌肉和脂肪组织基因组中的表达水平未发生显著变化.本研究通过对肉鸡肌肉和脂肪组织基因组中DSG的鉴定与分析,为研究可变剪接及其调控机制、组织间差异剪接的多样性提供理论依据.

著录项

  • 来源
    《畜牧兽医学报》 |2018年第10期|2124-2132|共9页
  • 作者单位

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

    中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;

    北京100193;

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

    龙岩学院生命科学学院;

    龙岩364000;

    福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;

    龙岩364000;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 遗传、育种;
  • 关键词

    肉鸡; 可变剪接; 差异剪接基因; RNA-seq;

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