一种新的基因注释语义相似度计算方法

吴飞珍; 马文丽; 王旺迪; 陈启龙; 郑文岭

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一种新的基因注释语义相似度计算方法

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基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题.但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决.本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本质上是基于基因的生物学特性,其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关,只与结点在GO图的位置有关,语义相似度可被重复利用.它既考虑了基因所映射的GO结点深度,又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响.文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验,实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度.

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来源
《生物信息学》 |2010年第1期|23-29|共7页
作者
吴飞珍; 马文丽; 王旺迪; 陈启龙; 郑文岭;
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作者单位

上海大学电子生物中心,上海,200072;

上海大学电子生物中心,上海,200072;

南方医科大学基因研究所,广州,510515;

浙江东方职业技术学院,浙江,325011;

上海大学电子生物中心,上海,200072;

上海大学电子生物中心,上海,200072;

南方医科大学基因研究所,广州,510515;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类信息处理（信息加工）;
关键词
基因本体; 基因注释; 语义相似度;

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