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MedPortal:面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台

         
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摘要

In the past decade,ontology has been widely used in biomedical data analysis,search,integration and reuse.As ontology itself is a specific type of data,the amount of ontologies has also increased rapidly.In order to promote the integration of precision medicine data sets and provide ontology resource service for domestic users,we constructed MedPortal,an ontology repository and platform.Reusing NCBO BioPortal technology,we constructed MedPortal software framework.We selected precision medicine-related ontologies and built MedPortal ontology repository.Further,we modified some original code in order that MedPortal could run smoothly in the new network environment.Now MedPortal ontology repository has been successfully constructed.So far,42 biomedical ontologies have been imported into MedPortal,mappings among which have also been created.Several ontology services including term search,ontology mapping,and data annotation are provided through websites and REST API,accessible at:http://medportal.bmicc.cn.MedPortal will be of help to biomedical data integration.%在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中.本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加.为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应用平台.通过复用NCBO BioPortal技术,搭建MedPotal软件框架.遴选精准医学相关本体,建立本体资源库.对原框架中的代码和本体处理工具进行修正和完善,使之能够在本体稳定运行的基础上满足大批量数据的自动化处理.目前,该平台已整合42个生物医学本体,建立了本体之间术语映射关系,通过页面和REST API方式,提供术语检索、本体映射、数据标准化注释等本体应用服务(http://medportal.bmicc.cn).MedPortal本体平台将为生物医学数据整合提供帮助.

著录项

  • 来源
    《中国生物医学工程学报》 |2017年第5期|557-564|共8页
  • 作者

    郭靖文; 杨晟; 史涪仁; 邵晨; 张璐璐; 王恒; 杨啸林;

  • 作者单位

    中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京100005;

    中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京100005;

    中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京100005;

    中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京100005;

    中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京100005;

    中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京100005;

    中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京100005;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 生物医学工程;
  • 关键词

    生物医学本体; MedPortal; 数据库; 本体映射; 本体注释;

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