基于精氨酸酶切的蛋白质C端肽段富集方法的优化及评估

赵晓晓; 胡昊; 赵雯思; 刘萍; 谭敏佳

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基于精氨酸酶切的蛋白质C端肽段富集方法的优化及评估

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基于聚合物的蛋白质C端反向富集策略是用于研究蛋白质C端最为广泛的策略之一。目前,基于胰蛋白酶(trypsin)切割精氨酸残基C端(ArgC型酶切)的蛋白C端组学方法对蛋白质C端的鉴定深度仍有待提高。为解决这一问题,该研究对此方法进行了优化和评估:建立了基于“V型”过滤装置的“一锅法”富集流程,避免了副反应的干扰,缩短了样本的制备时间;优化了蛋白水平乙酰化反应条件,最大限度地降低了丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸残基上的副反应,提高了肽段鉴定的可信性;优化了基于固相萃取枪头膜片过滤柱(StageTip柱)的样品分离过程,使C端肽段的鉴定深度增加至原来的4倍。通过以上优化,按照肽段水平错误发现率(FDR)<0.01、离子分数(ion score)≥20,且C端带有乙醇胺修饰的数据筛选标准,从人HEK 293T细胞中共鉴定出696个蛋白质C端。若仅要求肽段水平FDR<0.01,鉴定数目进一步增加到933个,这是基于聚合物富集策略的蛋白质C端组学方法所得的最大数据集之一。探索了胰蛋白酶镜像酶(LysargiNase)切割精氨酸残基N端(ArgN型酶切)与不同肽段N端衍生化修饰组合对蛋白质C端鉴定数目和种类的影响,“LysargiNase酶切+肽段N端乙酰化”新策略在原有“胰蛋白酶酶切+肽段N端二甲基化”策略的基础上将鉴定蛋白质C端的种类提升了47%。综上,该研究通过对基于Arg型酶切的蛋白C端组学方法的优化,提升了C端肽段的鉴定深度,扩大了C端肽段鉴定的覆盖范围。该方法将有望成为系统性表征蛋白质C端的有力工具。

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来源
《色谱》 |2022年第1期|17-27|共11页
作者
赵晓晓; 胡昊; 赵雯思; 刘萍; 谭敏佳;
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作者单位

南京中医药大学新中药学院;

江苏南京210023;

中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室;

上海201203;

中国科学院大学;

北京100049;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类元素及化合物的分离方法;
关键词
化学乙酰化; 蛋白质C端组学; 反向富集; 固相萃取枪头膜片过滤柱; 生物质谱;

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