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新生隐球菌毒力差异菌株的全基因组测序及毒力相关基因的筛选

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目的了解及分析新生隐球菌格鲁比变种（Cryptococcus neoformans vargrubii）两组毒力差异明显的多位点微卫星型（multilocus microsatellite typing, MLMT）菌株的全基因组序列, 筛选出引起其毒力差异的相关基因。方法选取毒力差异最为明显的不同基因型菌株各1株进行全基因组重测序, 运用比较基因组学方法全面分析测序结果, 使用非同义SNPs（non-synonymous SNPs, nsSNPs）、无义突变SNPs、产生移码突变InDels的策略广泛筛选差异基因。对筛选出的基因在所有实验菌株中进行DNA测序验证, 并提取总RNA, 采用快速扩增5’’和3’’cDNA末端（rapid amplification of 5’’ and 3’’ cDNA ends, RACE）技术, 克隆后测序获得对应基因的完整cDNA全长序列信息。结果通过全基因组重测序, 环境株IFM56731和临床株IFM56800均分别获得127倍和111倍覆盖率的有效数据。分别对SNPs和InDels数据进行统计分析, 应用无义突变SNPs和产生移码突变的InDel分别筛选出3个差异基因。对筛选出的6个基因在所有实验菌株中进行扩增测序, 并对其中3个基因进行cDNA的测序分析, 最终确定基因CNAG01032的转录序列位置和结构, 并验证了预测的无义突变位点存在于实际的mRNA中。结论本研究通过全基因重测序数据分析证明, 应用无义突变SNPs和产生移码突变的InDels进行差异基因筛选的策略具有较好针对性, 并筛选出6个潜在与毒力相关的基因, 通过对所有实验菌株的测序和对全长cDNA的测序验证, 最终筛选出基因CNAG01032为可能引起菌株毒力差异的基因。

著录项

来源
《中华微生物学和免疫学杂志》 |2016年第2期||共页
作者
刘涛华; 王颜颜; 陈玉如; 赵亮; 吕倩; 牟丽丽; 康颖倩;
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作者单位

贵州医科大学微生物学教研室;

贵阳市第五人民医院检验科;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类隐球菌;
关键词
新生隐球菌格鲁比变种; 微卫星基因分型; 全基因序列分析; 毒力;

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