大黄鱼养殖海域水体中细菌群落结构和抗生素抗性基因分布特征

刘洋; 饶秋华; 李水根; 王为刚; 张志灯; 黄薇; 罗土炎

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为探究大黄鱼福建养殖海域水体中微生物群落和抗生素抗性基因(ARG)的分布特征,本研究利用MiSeq和HiSeq高通量测序技术,基于细菌16S rRNA基因V3~V4可变区,对福建6个大黄鱼密集养殖区水体中的细菌群落结构和ARG赋存特征进行研究。Ribosomal Database Project(RDP)注释结果显示6个样品中丰度最高的门为Proteobacteria,占样品序列总数的59.62%~75.34%,不同位置大黄鱼养殖海域水体中的优势菌属存在显著差异(P<0.05)。通过与Comprehensive Antibiotic Resistance Database(CARD)数据库比对发现,水体中共检测出872个ARG,包括20种ARG基因类型;不同养殖区域的优势ARG类型基本一致,主要为四环素类、大环内酯类和氟喹诺酮类抗性基因;抗性机制主要为外排泵。相关性分析结果进一步显示,丰度前20的菌属与丰度前20的ARG均有显著相关性(P<0.05),表明微生物群落是影响大黄鱼养殖海域水体中ARG分布的重要因素。本研究为大黄鱼健康养殖及水体ARG控制及消除提供参考依据。

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来源
《中国预防兽医学报》 |2023年第4期|366-373|共8页
作者
刘洋; 饶秋华; 李水根; 王为刚; 张志灯; 黄薇; 罗土炎;
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作者单位

福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所福建省农产品质量安全重点实验室;

福建省水产技术推广总站;

连江县水产技术推广站;

福州海关技术中心;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类病原细菌;
关键词
抗生素抗性基因; 微生物群落; 高通量测序技术; 大黄鱼养殖海域; 养殖水体;

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