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2017年～2018年四川省猪δ冠状病毒的检测与遗传进化分析

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cqvip:为调查猪δ冠状病毒(PDCoV)在四川省的流行情况,本研究对2017年~2018年采集的141份仔猪腹泻病料样品经RT-PCR检测,并对检测为PDCoV的两株病毒进行全基因扩增与序列分析。结果显示,PDCoV的阳性率为4.96%(7/141),且PDCoV与猪流行性腹泻病毒的混合感染阳性率为2.84%(4/141)。全基因组序列分析显示两株PDCoV之间的同源性为99.3%,与其它PDCoV病毒株间的同源性为97.6%~99.0%。两株PDCoV均与越南和泰国PDCoV株的同源性最低,而之前发现的四川PDCoVCH/Sichuan/S27株与越南和泰国病毒株有较高的同源性。两株PDCoV的全基因组中均有部分碱基的插入或缺失,包括ORF1ab基因中的9 nt插入和S基因中的3 nt缺失,以及在3’UTR区域的11 nt缺失。遗传进化树分析显示,PDCoV呈现出明显的地域特征,同时中国PDCoV株呈现出4个小分支,其中两个新PDCoV株与CH/Sichuan/S27位于不同分支,表明PDCoV的基因存在多样性。本研究丰富了PDCoV在中国的分子流行特征及其遗传进化规律,为后续PDCoV的病毒学研究提供参考。

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来源
《中国预防兽医学报》 |2019年第10期|1059-10621071|共5页
作者
冯宇; 殷鑫欢; 徐雷; 杨晓宇; 鲁令华; 徐志文; 朱玲;
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作者单位

四川农业大学动物生物技术中心四川成都 611130;

四川动物疫病与人类健康四川省重点实验室四川成都 611130;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类家畜病毒学;
关键词
猪δ冠状病毒; 流行; 全基因; 遗传进化;

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