牛樟EST-SSR标记的开发及遗传多态性分析

郭莺; 孟红岩; 林文珍; 林志楷; 刘黎卿

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牛樟EST-SSR标记的开发及遗传多态性分析

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本研究通过测序牛樟叶片cDNA获得17 046条Uni-EST,从中检测出1 316个SSR位点,平均每25.7 kbEST含1个SSR位点.功能注释发现1 242条SSR-EST中有690条可被划分为3大功能类、18个功能亚类.牛樟EST-SSR二核苷酸重复类型出现频率最高,三核苷酸次之.184类重复基序中AG/CT出现频率最高(32.4％),其次为AAG/CTT(9.3％).从1 242条SSR-EST设计SSR引物537对,随机选取150对检测牛樟的多态性及在香樟、大叶樟和沉水樟中的可转移性.结果表明,有44对引物在牛樟中得到特异性扩增,其中17对具有多态性,检测出的等位基因数2～7个,平均3.02个.牛樟SSR标记在香樟、沉水樟和大叶樟的可转移率分别为97.7％、97.7％和95.3％.聚类分析表明,在遗传相似系数为0.76处,14个樟属植物能被划分为5类,聚类结果与植物学分类结果基本吻合.

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来源
《热带作物学报》 |2018年第8期|1561-1569|共9页
作者
郭莺; 孟红岩; 林文珍; 林志楷; 刘黎卿;
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作者单位

福建省亚热带植物研究所;

福建厦门 361006;

福建省亚热带植物研究所;

福建厦门 361006;

福建省亚热带植物研究所;

福建厦门 361006;

福建省亚热带植物研究所;

福建厦门 361006;

福建省亚热带植物研究所;

福建厦门 361006;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类樟科;
关键词
牛樟; EST-SSR; 标记开发; 遗传多态性;

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