应用RNA-Seq技术筛选低钙环境下牛肾细胞差异表达基因

朱雨凝; 姜忠玲; 丛霞; 曹荣峰; 李华涛; 田文儒; 丰艳妮

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本研究旨在寻找更为灵敏、准确的围产期奶牛低钙血症生物标志物,探索低钙环境下牛肾细胞的差异表达基因。先将低钙环境中培养至第3天的牛肾细胞(MDBK)进行RNA-seq测序,并对测序结果进行差异表达基因和GO、KEGG富集分析。随后挑选14个差异基因进行荧光定量PCR(RT-qPCR)验证。结果显示,对照组和试验组分别得到79 207 867条和96 688 237条Reads,共筛选出差异表达基因114个,其中上调的基因22个,下调的基因92个。并且,富集在PI3K信号通路中的基因(PIK3CA、G-CSF、TSC2、CDC37、ERBB3、MDM2)、参与调控甲状腺激素信号通路的基因(PLCD3、PIK3CA、TSC2、MDM2),以及参与膜运输的基因(MDM2、AP180、MICAL、PRAM1、PIK3CA、WIPF、PLCD、UNC13D、TBC1D10等)表达水平在低钙条件下差异明显。RT-qPCR验证测序筛选的14个与钙调节相关的差异表达基因显示,其结果与RNA-seq结果大体一致。因此,低钙环境对牛肾细胞的增殖具有抑制作用,并影响其基因表达,差异表达的基因主要富集在膜运输、PI3K信号通路以及甲状腺信号通路中。

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来源
《中国兽医杂志》 |2021年第11期|17-23|共7页
作者
朱雨凝; 姜忠玲; 丛霞; 曹荣峰; 李华涛; 田文儒; 丰艳妮;
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作者单位

青岛农业大学动物医学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类内分泌腺疾病及代谢病;
关键词
RNA-SEQ; 牛肾细胞; 基因表达; 低钙环境;

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