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1株分离自猩红热患儿的耐多药嵴链球菌全基因组测序及比较基因组分析

         
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目的 研究杭州地区1株分离自猩红热患儿咽拭子的耐多药嵴链球菌(Streptococcus cristatus,S.cristatus)S22的致病、耐药机理,基因组水平与其他嵴链球菌的进化关系以及与猩红热的潜在联系.方法 对S22进行高通量测序,分析基因组基本特征、毒力基因和耐药基因.联合NCBI基因组数据库中相关链球菌的基因组,分析平均核苷酸相似度(ANI)和构建全基因组SNPs进化树,分析嵴链球菌的进化关系.结果 菌株S22基因组全长2.04184 Mb,有1980个CDS,平均GC含量42.7％.S22含有33个毒力基因,是条件致病菌,与猩红热致病菌化脓链球菌毒力基因分布差异很大,从基因组角度没有直接证据显示S22与猩红热的关系.S22含有3个耐药基因ermB、tetM、bacA,与耐药表型一致.其中ermB,tetM位于类Tn6002的转座子上.比较基因组学显示S22在进化上亲缘关系最近的是分离自中国的3株嵴链球菌AS 1.3089,NBRC106105,NCTC13807,在这4株菌上均发现了类Tn6002转座子.此外,基因序列分析的结果提示嵴链球菌771_SOLI和嵴链球菌787_SOLI应归为格氏链球菌(Streptococcus gordonii,S.gordonii),嵴链球菌550_SOLI应归为血链球菌(Strep-tococcus gordonii,S.sanguinis).结论 条件致病菌S22不直接引起猩红热,但S22寄居在咽部,并耐大环内酯类抗生素,在使用大环内酯类抗生素后,S22有可能成为咽部的优势菌群,引起菌群失调甚至致病.有4株已测序的嵴链球菌中发现耐大环内酯类和四环素的转座子,均分离自中国,提示我们要控制抗生素尤其是大环内酯类抗生素的使用.

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