SuperLLEC:全新的链读和长读测序组装纠错算法

崔雅轩; 张少强

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SuperLLEC:全新的链读和长读测序组装纠错算法

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为了解决第三代测序数据较高的错误率和提高基因组组装精度,基于10X Genomics链读测序数据设计了一种针对PacBio长读数据的组装和纠错算法SuperLLEC。该算法使用Wtdbg2算法将PacBio长读测序数据拼接成支架序列,运用Bowtie2比对工具将链读序列比对到支架序列,并根据链读条码进一步组装支架序列;对不匹配的比对位点采用Fisher精确检验预测该位点为单核酸多态性或是PacBio测序错误的碱基。通过三组人类细胞的长读数据和链读数据的算法比较实验,证明该方法能够较明显地提高基因组组装的准确度、NG50长度和单核酸多态性位点预测精度。

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来源
《计算机工程与应用》 |2022年第3期|201-206|共6页
作者
崔雅轩; 张少强;
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作者单位

天津师范大学计算机与信息工程学院;

天津300387;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类信息处理（信息加工）;
关键词
链读; 长读; 支架; 组装; 纠错; Fisher精确检验;

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