基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用

陆海燕; 陈璐; 王显生; 赵涵; 沈奇

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基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用

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[目的]获得可以用于棉花品种鉴定和纯度检测的二态性InDel标记,提高棉花种子的检验精确度和效率,为棉花的分子育种发挥作用.[方法]基于来源不同的121份棉花全基因组信息,根据高多态性信息含量筛选多态性高的InDel位点,开发二态性InDel标记,并在我国66个棉花品种的遗传距离分析和聚类分析中进行应用.[结果]基于121份棉花的二代测序数据获得10 967个InDel位点,合成了85对InDel引物,选择其中有效引物64对,其中At亚组的特异引物35对、Dt亚组特异引物29对,At、Dt亚组染色体的平均最小等位频率分别为0.45、0.32,多态信息含量分别为0.49、0.40;所用的66个棉花品种的遗传距离范围是0.04～0.65cM(厘摩),平均为0.39 cM,遗传距离最大的2个品种是泗棉3号和中棉所36,遗传距离最小的是徐棉18和徐杂3号.[结论]开发的64个棉花二态性InDel标记能有效地通过揭示品种间的遗传距离反映品种之间的亲缘关系,区分来源不同的棉花品种,具有一定的理论意义和应用价值.

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来源
《棉花学报》 |2019年第4期|297-306|共10页
作者
陆海燕; 陈璐; 王显生; 赵涵; 沈奇;
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作者单位

江苏省农业科学院/江苏省农业生物学重点实验室;

南京210014;

盐城师范学院;

江苏盐城224007;

江苏省农业科学院/江苏省农业生物学重点实验室;

南京210014;

江苏省农业科学院/江苏省农业生物学重点实验室;

南京210014;

江苏省农业科学院/江苏省农业生物学重点实验室;

南京210014;

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正文语种 chi
中图分类
关键词
棉花; 重测序; InDel标记; 品种鉴定;

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