星毛唐松草叶绿体基因组的测序及其密码子偏好性分析

侯哲; 娄晓鸣; 李昂; 黄长兵

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通过全基因组重测序数据对星毛唐松草的叶绿体基因组进行组装,并对其密码子偏好性进行分析。结果表明:星毛唐松草的叶绿体基因组全长为155969 bp,具有非常典型的四分体结构;密码子偏好性分析表明,筛选的48条基因序列中,GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)的平均含量分别为47.97,39.99,30.07,表现出显著的差异;有效密码子数(ENC)与GC_(1)和GC_(2)的相关性不显著,而与GC_(3)显著相关;中性绘图分析表明GC_(3)与GC_(12)的相关性显著,且密码子的偏好性受自然选择的影响;ENC-plot及ENC比值频数分布结果表明,大多数基因的ENC值低于预期值,仅有10个基因受到突变的影响,其他基因则主要受到自然选择的影响;同义密码子相对使用度(RSCU)分析表明,18个最优密码子均以A和U结尾。该研究为星毛唐松草叶绿体基因工程的开展奠定了基础,为其遗传多样性、遗传结构及群体遗传学的研究提供了参考信息。

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来源
《西南林业大学学报：自然科学》 |2023年第5期|47-56|共10页
作者
侯哲; 娄晓鸣; 李昂; 黄长兵;
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作者单位

苏州农业职业技术学院;

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正文语种 chi
中图分类基因理论;
关键词
星毛唐松草; 叶绿体基因组; 密码子偏好性; 最优密码子;

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