双歧杆菌中CRISPR-Cas系统生物信息学分析

曹林艳; 王青豪; 唐林; 李百元; 尹业师

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双歧杆菌中CRISPR-Cas系统生物信息学分析

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摘要

目的加深对双歧杆菌中CRISPR-Cas系统结构特征与作用机制的认识,为基于内源性CRISPR-Cas系统构建基因编辑工具提供基础。方法以实验室保存的39株双歧杆菌为研究对象,找出基因组中的CRISPR簇与cas基因,并对各分型系统中CRISPR的repeat序列保守性、spacer分布特征和某些Cas蛋白序列进行生物信息学分析。结果39株双歧杆菌中含CRISPR菌株的比例为61.5%(24/39),相同分型系统的repeat序列有保守的回文重复序列,II型系统的tracrRNA可结合crRNA形成保守的结构,菌株内spacer重复分布发生较常见且类型多样,菌株间Cas1的序列同源性与系统分型相关而与种属无关,II-A型与II-C型系统的Cas9结构域构成差异明显。结论双歧杆菌中含CRISPR-Cas系统的菌株的比例较高,CRISPR序列重组比较活跃,在构建可移动基因编辑工具方面双歧杆菌内源性II-C型系统具有优势。

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来源
《中国微生态学杂志》 |2020年第11期|1241-1247|共7页
作者
曹林艳; 王青豪; 唐林; 李百元; 尹业师;
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作者单位

湖南科技学院湘南优势植物资源综合利用湖南省重点实验室;

湖南永州425199;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类微生物学;
关键词
双歧杆菌; CRISPR-Cas系统; 重复序列; 间隔序列; 生物信息学;

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