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柯萨奇B组1型云南分离株MSH／KM9／2009全基因组序列分析

         
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对2009年分离自云南省昆明市脑膜脑炎儿童的1株柯萨奇B组1型病毒MSH-KM9-09,进行了全基因组的序列测定,并对其分子变异和进化特点进行了分析。采用逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerasechain reaction,RT-PCR),分段扩增覆盖病毒全长序列的8个重叠片段(未包括多聚腺苷酸尾),并进行序列测定和分析。CVB1MSH-KM9-09病毒株基因组全长7 384个核苷酸(nt),5'端和为3'端分别为741nt和94nt的非编码区,5'和3'非编码区间为一个6 549nt长的开放阅读框,编码一个含2 183个氨基酸的多聚蛋白,编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中现有CVB1全基因组序列M16560、pmMC、Tucson B1和CVB1/Nm相比对,整个基因组的核苷酸同源性分别为80.9%、81.6%、80.5%和80%,氨基酸同源性分别为95.6%、95.8%、96.2%和95.6%。首次完成中国CVB1病毒全基因组核苷酸序列的测定,经核苷酸序列同源性比对和进化树分析,证实MSH/KM9/2009株属于CVB1基因型。

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