大豆HB基因GmSbh1的分离与生物信息学分析

舒英杰; 陶源; 王爽; 黄丽燕; 陈明; 麻浩

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大豆HB基因GmSbh1的分离与生物信息学分析

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从大豆叶片中分离到Gm Sbh1基因c DNA的完整开放阅读框（ORF）序列,对其编码的氨基酸序列、蛋白质一级、二级结构及互作蛋白等进行了生物信息学分析。结果表明：在Gm Sbh1基因c DNA序列的第156~1 293 bp处有一个完整的ORF,编码379个氨基酸;Gm Sbh1具有同源异型盒（homeoboxbox,HB）基因家族典型的KNOX1、KNOX2、ELK和Homeodomain（HD）结构域;检索到18条与Gm Sbh1核酸序列一致性大于80%的序列;Gm SBH1为亲水性蛋白,不具有信号肽,分子量为42.37 k Da,其中丝氨酸（Ser）、天冬氨酸（Asn）和亮氨酸（Leu）分别为占10%、9.8%和8.4%,可能发生磷酸化的位点分别在Ser（13个）、酪氨酸（Tyr）（2个）和苏氨酸（Thr）（1个）上;二级结构预测结果显示,Gm SBH1序列存在α-螺旋（占39.31%）、β-转角（占5.28%）、延伸链（占8.44%）和无规则卷曲（占46.97%）,不存在跨膜螺旋;蛋白互作预测表明,Gm SBH1与拟南芥中的RPL、BEL1、AT4G32980.1-P、BLH2和BLH3等蛋白的互作程度较高,其中与BEL1共表达的几率较高。

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来源
《大豆科学》 |2015年第2期|212-216|共6页
作者
舒英杰; 陶源; 王爽; 黄丽燕; 陈明; 麻浩;
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作者单位

南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室;

江苏南京210095;

安徽科技学院农学院;

安徽凤阳233100;

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正文语种 chi
中图分类大豆;
关键词
大豆; 同源异型盒基因; 基因分离; 生物信息学分析;

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