基于万寿菊转录组测序的SSR标记开发

张华丽; 丛日晨; 王茂良; 董爱香; 辛海波; 义鸣放; 郭华

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基于万寿菊转录组测序的SSR标记开发

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万寿菊(Tagetes erecta L.)花蕾转录组测序共获得48 953条Unigene,利用MISA软件检测出20 666个SSR位点,分布于13 849条Unigene中,出现频率为28.29%,平均分布距离为2.51 kb。优势重复基序为三核苷酸、四核苷酸,分别占总SSR位点的50.16%和20.94%。ATG/ATG和AAAC/GTTT分别是三核苷酸、四核苷酸的优势重复基元,占总SSR重复类型的13.82%和3.66%。随机选取不同主导重复基元类型并合成SSR引物36对,以20份万寿菊自交系的基因组DNA为模板,对引物有效性和多态性进行了验证,30对引物可以扩增到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为80.56%;其中13对引物具有多态性,平均H_e和PIC分别为0.275和0.608。以上结果表明,万寿菊转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为万寿菊的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。

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来源
《园艺学报》 |2018年第1期|159-167|共9页
作者
张华丽; 丛日晨; 王茂良; 董爱香; 辛海波; 义鸣放; 郭华;
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作者单位

北京市园林科学研究院;

绿化植物育种北京市重点实验室;

北京100102;

中国农业大学观赏园艺与园林系;

北京100193;

河南省泌阳县森林病虫害防治检疫站;

河南泌阳463721;

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正文语种 chi
中图分类 S682.11;
关键词
万寿菊; SSR; 转录组;

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