安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

栗薇薇; 孙永; 袁媛; 俞俊岭; 陈晴晴; 葛盈露; 张竹慧; 何军

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安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

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新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本研究通过Vero细胞成功分离培养了新型冠状病毒,并分析了安徽省首个SARS-CoV-2毒株全基因组序列,为了解病毒生物学特性提供了重要的参考信息。

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来源
《病毒学报》 |2020年第5期|751-757|共7页
作者
栗薇薇; 孙永; 袁媛; 俞俊岭; 陈晴晴; 葛盈露; 张竹慧; 何军;
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作者单位

安徽省疾病预防控制中心;

合肥230601;

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正文语种 chi
中图分类呼吸道传染性病毒;
关键词
新型冠状病毒(SARS-CoV-2); 全基因组序列; Vero细胞;

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