广东地区1株猪非典型瘟病毒的鉴定及遗传演化分析

侯展鹏; 陈文俊; 林佩仪; 梁宇; 刘文俊; 曹楠; 许丹宁; 田允波; 黄运茂; 付新亮

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广东地区1株猪非典型瘟病毒的鉴定及遗传演化分析

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猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus,APPV)是引起仔猪先天性震颤(congenital tremor,CT)的主要病原,给养猪业带来严重的经济损失。为了解APPV在广东地区猪群的流行和变异情况,本研究于2018—2019年从广东地区采集12份疑似CT的病料样品,通过RT-PCR对APPV进行检测,并对APPV阳性的病料样品通过PCR扩增其全长基因组序列并测序,同时对其ORF和E2基因的同源性、遗传进化关系及E2蛋白氨基酸分子特征进行分析。结果显示,有3份样品为APPV阳性,进一步对其中1份阳性样品通过全基因组PCR扩增得到1条长度为10989 bp的APPV全长序列,命名为APPV-China/GD-ZK/2018(GD-ZK)。GD-ZK与参考毒株ORF和E2基因的核苷酸同源性分别为80.7%~99.7%,80.8%~99.9%,其中与APPV/CNYJ/2018的同源性最高。分别对GD-ZK株的ORF和E2基因进行遗传演化分析,结果显示,根据遗传进化关系可将APPV划分为Genotype 1、Genotype 2和Genotype 3三种基因型,而本研究中鉴定到的GD-ZK株属于Genotype 2,与APPV/CNYJ/2018的进化关系最近。分子特征分析结果显示GD-ZK株E2蛋白发生了S^(54)T和S^(130)T 2个特征性的氨基酸位点突变,且该突变均存在于Genotype 2。因此这2个氨基酸位点突变可作为APPV基因分型潜在的分子标记。本研究初步揭示了APPV在广东地区猪群中的遗传变异情况,为掌握APPV在广东地区的流行本底奠定了基础。

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来源
《中国兽医学报》 |2022年第11期|2145-2151|共8页
作者
侯展鹏; 陈文俊; 林佩仪; 梁宇; 刘文俊; 曹楠; 许丹宁; 田允波; 黄运茂; 付新亮;
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作者单位

仲恺农业工程学院动物科技学院;

广东广州510225;

广东省水禽健康养殖重点实验室;

广东广州510225;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类家畜病毒学;
关键词
APPV; 仔猪先天性震颤; 遗传演化; 变异;

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