基于并行的同源RNA序列快速搜索算法

严繁妹; 骆志刚; 管乃洋; 丁凡; 王金华

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基于并行的同源RNA序列快速搜索算法

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cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围。文章基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的通信和负载平衡问题进行了优化。测试结果表明,此文方法具有良好的可扩展性,在120个处理器时,并行效率可达86.3%,能够用于全基因组范围内的大规模同源RNA序列搜索。

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来源
《微电子学与计算机》 |2006年第9期|1-3|共4页
作者
严繁妹; 骆志刚; 管乃洋; 丁凡; 王金华;
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作者单位

国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类计算机软件;
关键词
同源RNA序列; 两级工作池; 并行化;

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