牙鲆碱性磷酸酶cDNA序列分析与蛋白质高级结构预测

陈晓武; 施志仪

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为研究碱性磷酸酶(EC3.1.3.1;alkaline phosphatase,ALP)在牙鲆(Paralichthys Olivaceus)发育和变态中的作用,采用RACE的方法克隆了牙鲆ALP基因cDNA全长,通过生物信息学分析了核苷酸序列并进行蛋白结构预测.结果表明,牙鲆ALPcDNA全长为1811bp,能编码476个氨基酸的蛋白质,分子量为52293.1,等电点为7.67.编码区核苷酸GC含量在ALP同源基因中差异比较大,脊椎动物明显高于非脊椎动物和细菌.分子系统分析显示,牙鲆ALP和青黑斑河豚(Tetraodonnigroviridis)、斑马鱼(Danio rerio)的组织非特异性ALP有较高的同源性,分子进化树和物种进化树是一致的.在蛋白序列中的一些重要的功能位点,包括金属离子结合位点、N糖基化位点和丝氨酸磷酸化位点等表现了较高的保守性.牙鲆ALP和人胎盘ALP(PALP)在蛋白序列上有43%的相似性,其3D结构非常接近.通过氨基酸空间位置比较发现,牙鲆ALP中141和203位半胱氨酸对应于人PALP的121和183位半胱氨酸,推测能形成一个二硫键.在两者酶活性中心,3个金属离子结合的氨基酸残基非常保守,Zn离子周围的9个氨基酸中有2个不同;Mg离子周围的7个氨基酸也只有2个不同,包括一对类似的丝氨酸155和苏氨酸175.

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来源
《中国生物化学与分子生物学报》 |2007年第6期|442-449|共8页
作者
陈晓武; 施志仪;
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作者单位

上海水产大学生物技术研究中心;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类酶;生物大分子的结构和功能;
关键词
牙鲆; 碱性磷酸酶; 序列分析; 蛋白质结构预测; 生物信息学;

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